Коронавирус и другие пандемии.

Латынина: «Только у этой гипотезы [вирус сразу перескочил с летучей мыши на человека] есть целый ряд недостатков, начиная с того, что летучие мыши не заражаются SARS2».

Перед нами ложное утверждение – чтобы убедиться в этом, достаточно открыть статью «SARS-CoV-2 у летучих мышей, хорьков, свиней и кур: экспериментальное исследование распространения», опубликованную в Lancet Microbe [2]. Авторы публикации ввели девяти летучим мышам в нос коронавирус, в итоге инфекция «прижилась» у семи животных. Кроме того, у двух летучих мышей вирус нашли в трахеях, легких и лимфатических тканях. Возможно, какие-то летучие мыши и не заражаются SARS-CoV-2 (было бы неплохо увидеть пруфы), но это точно не касается всех летучих мышей.


Латынина: «Фишка тут в том, что SARS2 был с самого начала удивительно оптимизирован под человеческие ACE2-рецепторы — в 10–20 раз лучше SARS1!  SARS2, несмотря на широчайшее распространение и огромный потенциал для мутаций, почти не меняется. Ему незачем — он и так совершенен».

Нет, это не так. Вирус постоянно мутирует, и мутации повышают его «эффективность». Например, учёные обнаружили штамм SARS-CoV-2 B.1.617 5 октября 2020 года в Индии. У этого штамма – более десятка мутаций. Среди мутаций есть такие – например, E484Q – которые, видимо, улучшают связывание с человеческим рецептором ACE2 и препятствуют распознаванию вируса иммунной системой. Среди мутаций есть и P681R в той самой «вставке» фуринового сайта, который приписывают труду генных инженеров.

Если вы хотите почитать о мутациях ковида подробнее, советую изучить статью «Индийский вариант SARS-CoV-2 приземлился в Калифорнии. Впереди еще больше опасностей?» в журнале Forbes [3].

А вообще мне очень хочется спросить Юлию Латынину: не считает ли она признаком искусственности испанского гриппа тот факт, что он оказался очень эффективным в заражении людей? Ведь и вокруг испанки возникали конспирологические теории! Например, кто-то верил, что вирус разносили немецкие подводные лодки.

Латынина: «Иными словами, SARS2 не просто имеет, в отличие от RaRG13, фуриновый сайт. Он имеет фуриновый сайт, в котором аргинин закодирован с помощью кодона, который используется коронавирусами лишь в 5% случаев, а двойная комбинация CGG-CGG не встречается нигде».

В свое время мне потребовалось пять минут, чтобы найти пару кодонов CGG-CGG, кодирующие пару аргининов в бетакоронавирусе HKU14 кроликов. Позиция 20491 в геноме для желающих проверить. Ну и RaTG13, а не RaRG13. Что это за замена T на R? Наверное, это специально вставили, а не случайная природная опечатка! Ведь больше нигде таких опечаток я не видел.

Латынина: «Четыре аминокислоты — это 12 нуклеотидов, расположенных в правильном порядке. Это довольно сложная фраза на белковом языке».

Наоборот, проще могут быть только фразы из трех, двух, одной или нуля аминокислот. Нет, это не сложная фраза на белковом языке. Такие фразы образуются и исчезают постоянно – чтобы убедиться в этом, посмотрите, например, статью «Естественные вставки и делеции во множественных шиповидных белков коронавирусов» [4].

Латынина: «Как только фурин видит последовательность белков «пролин — аргинин — аргинин — аланин» или PRRA, он режет.

Нет, фурин узнает последовательность «аргинин — любая аминокислота — аргинин или лизин — аргинин» (R-X-[R/K]-R), хотя иногда достаточно «аргинин — любая аминокислота — любая аминокислота— аргинин (R-X-X-R)» [5,6]. PRRA – это предполагаемая вставка у коронавируса SARS-CoV-2. За ней следует аргинин (R), который в этом месте встречается у кучи других коронавирусов. И вот вместе это дает сайт узнавания фурином.

Но в итоге SARS-CoV-2 содержит даже не оптимальный фуриновый сайт, а «минимальный». Скажем, у коронавирусов HCoV-HKU1 и HCoV-OC43 (возбудителей простуды человека) разрезание происходит по каноническим RKRR и RSRR соответственно. Непонятно, почему генные инженеры, создавая «фуриновый сайт» для SARS-CoV-2, не только не оптимизировали его, но и добавили лишнее. Аминокислота P в начале «вставки» не входит в канонический фуриновый сайт и встречается разве что у MERS-CoV. Но если бы брали весь сайт, как у MERS-CoV, то получилось бы PRSVR. А если «улучшить» сайт из MERS-CoV, то получится PRSRR или RRSRR, а не PRRAR, как у SARS-CoV-2.

Кстати, в работах, в которых реальные, а не вымышленные генные инженеры встраивали фуриновые сайты (на которые ссылается сама Латынина), использовали именно их канонические варианты. Так, в SARS-CoV-1 создавали сайты RSRR и RTKR (статья Activation of the SARS coronavirus spike protein via sequential proteolytic cleavage at two distinct sites [7]) и сайт RRKR (статья The S2 Subunit of QX-type Infectious Bronchitis Coronavirus Spike Protein Is an Essential Determinant of Neurotropism [8]).

Стоит также отметить, что независимое появление фуриновых вставок происходило у коронавирусов много раз (см. статью Furin cleavage sites naturally occur in coronaviruses в журнале Stem Cell Research [6]). Другой пример: фуриновый сайт есть у вирусов гриппа подтипов H5, H9 и H7, но (насколько это известно) отсутствует у H1, H2, H3, H4, H6, H8, H10, H11, H12, H13, H14, H15, H16, H17 и H18 [6,9,10].

Поэтому появление фуринового сайта не может быть аргументом в
пользу искусственности вируса.

Латынина: «Так вот — часть вируса, которым болели малайские (именно малайские) панголины, перехваченные в марте (именно в марте), обладала практически 100%-ным, неимоверным сходством, но не со всем SARS2, а только с небольшой его частью. А именно — с группой из 77 аминокислот, которые называются RBM — receptor binding motif, мотив связывания рецептора».

Сходство на уровне нуклеотидов между RMB SARS-CoV-2 и коронавирусом панголинов MP789 составляет 86.6% [11]. Это разные генетические последовательности.

Латынина: «Панголины-то, напомню, были из Малайзии. А вирус RaTG13, с которым они скрестились, был из Юннани. Логично предположить, что самое вероятное место, в котором бета-коронавирус малайского панголина и бета-коронавирус юннаньской летучей мыши могли встретиться и обменяться генетическим материалом, — лабораторный стол в Ухане».

Ни вирус панголинов, ни RaTG13 не являются прямыми предками генетического материала SARS-CoV-2. Если кто и встретился, то другие коронавирусы, неизвестно в каком ареале обитающие. Между SARS-CoV-2 и RaTG13 (вирусом летучих мышей) 40-70 лет эволюции [12]. За это время вирус мог переместиться куда угодно.

Латынина: «Во-первых, выяснилось, что комиссия ВОЗ никакими исследованиями не занималась, две недели сидела на карантине, и все свелось к гостевому пиар-туру с заученными ответами на вопросы. Институт не допустил комиссию не то что к своим лабораторным журналам, но и даже к той самой базе данных, которая была у него раньше в публичном доступе и так скоропостижно исчезла в районе 30 декабря. Вместо этого институт заверял комиссию: мамой клянемся, утечек не было! И добрые ученые из ВОЗ решили, что это исчерпывающее научное объяснение».

Очевидно, что Латынина либо не читала отчет ВОЗ [13], либо намеренно искажает его содержание, чтобы выставить оппонентов в дурном свете. Во всяком случае, журналистка решила полностью проигнорировать аргументы, которые в этом отчете представлены. Вот некоторые из них:

1. Ни ПЦР, ни тесты на антитела (проведенные несколько раз) не выявили заражение SARS-CoV-2 у сотрудников лаборатории в Ухане.
2. В Ухане велись опыты по «усилению» вирусов, это никто никогда не скрывал, только вот велись они с вирусами WIV и SHC014, крайне далекими от SARS-CoV-2, и про это есть документация.
3. Повторные визиты в пещеры, где нашли RaTG13, не выявили более близких к SARS-CoV-2 коронавирусов.

К этому можно добавить, что точка наиболее равноудаленная от всех ранних случаев SARS-CoV-2 – уханьский рынок (это видно по картинкам из отчета ВОЗ). Если вы интересуетесь историей медицины, то наверняка знаете человека по имени Джон Сноу (не путать с героем «Игры престолов»). В 1854 году он обнаружил очаг эпидемии холеры в Лондоне, посмотрев на то, какая точка равноудалена от мест обитания зараженных – оказалось, что это был водяной насос. Понятно, что SARS-CoV-2 – более сложный случай, но, тем не менее, картинка похожая. [Update: в отчете ВОЗ все же указано, что хотя на рынке вирус безусловно распространялся, не факт, что именно оттуда пошла эпидемия].

Это только малая часть аргументов комиссии ВОЗ. Только приложение к отчету занимается 193 страницы.

Что касается базы данных, то её удалили ещё 12 сентября 2019 года [14] – за пару месяцев до того, как вирус передался человеку (это произошло, по оценкам филогенетического анализа, в середине-конце ноября [15]) и началась пандемия. Конспирологи интерпретируют этот факт в пользу версии об утечке. Они думают, что уханьские ученые не только нехорошие люди, но видать еще и экстрасенсы – предвидели утечку, но вместо того, чтобы ее предотвратить удалили заранее базу данных.

Латынина: «Беда — главная — заключалась в том, что именно после отчета комиссии ВОЗ стало ясно: за год ни китайские зоологи, ни вирусологи, ни госбезопасность, ни комиссия ВОЗ, наконец, не смогли найти того самого гипотетического промежуточного животного, на которое перескочил вирус от летучих мышей».

Да, природное происхождение предполагает существование неизвестного вируса в природе у каких-то животных. Но лабораторное происхождение требует существования неизвестного вируса не только в лаборатории, но и в природе тоже, так как из известных вирусов собрать SARS-CoV-2 проблематично. Значит, использовался какой-то другой вирус (существующий в природе). Но тогда проще предположить, что этот (неизвестный науке природный вирус) и есть причина пандемии. И где-то он в любом случае есть. Это если отбросить ряд совсем бредовых версий о том, как создавался SARS-CoV-2 (с целью специально скрыть его происхождение, при отсутствии какой-либо внятной научной гипотезы).

Латынина: «…следует назвать блестящую статью Юрия Дейгина»

Упомянутая статья [16] в значительной степени повторяет уже разобранные ошибочные [11] аргументы, которые Юрий сначала приводил на Хабре [17], а потом в научном журнале BioEssays [18]. Разбор научной составляющей мы проводили вместе с Александром Тышковским на страницах того же самого научного журнала [11] и (впоследствии) в блоге «Коронавирус нерукотворный: разбираем гипотезу о лабораторном происхождении SARS-CoV-2» [19]. Желающие могут прочитать. Критику Латынина не упоминает, не опровергает, а попросту игнорирует (как и сам Юрий, который в итоге просто перешел на обсуждение моей личности). Что сама Юлия пишет про такой подход? «Ученые спорят по существу. Пропагандисты дискредитируют противника».

С разбором по существу я закончил, но от одного подкола удержаться не смогу. Дело в том, что, по иронии, исходная статья на Хабре Юрия Дейгина (которая явно вдохновила Юлию Латынину) содержала массу «Стрелок Осциллографа». Например, цитата: «...обеспечили направленную сборку полноразмерной экспрессии кДНК (для 1a, 1b, спайка, 3, конверт, матрица...».

Это место остроумно прокомментировала заведующая лаборатории анализа генома Института общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН Светлана Боринская:

«Кто знает, где у вируса конверт? Ответ – в гугл-переводчике, потому что даже Яндекс в таком контексте слово «envelope» переводит как «оболочка» (которая, в отличие от «конверта», у вируса имеется). Такая ошибка могла бы появиться, если бы («а») автор не смотрел, что там автоматом напереводилось или («б») не понимал бы, что там написано. В пользу варианта «б» свидетельствует оборот «сборку полноразмерной экспрессии кДНК» (англ. «assembly of full-length cDNA expressing open reading frames») в приведенной цитате. Понятное дело, что небиолог (даже точнее – не молекулярный биолог, генетик или биоинформатик) легко пропустит сей сложный оборот мимо сознания, куда там разбираться при таком изобилии терминов. Тем не менее, никакой «сборки экспрессии» не бывает, ни полноразмерной, ни какой-либо другой. Экспрессируемость (сохранение способности работать) относится к открытым рамкам считывания - они цель сборки, но при переводе куда-то подевались. Ведь именно они кодируют белок и нужны в кДНК. Видимо, автор убрал их, потому что в его понимание текста рамки не влезали».

Что меня забавляет (и печалит) больше всего в истории про коронавирус, так это то, как в отсутствии каких-либо новых аргументов в пользу искусственного (лабораторного происхождения) за последние полгода столько СМИ (и даже несколько научных журналов) внезапно решили эту гипотезу растиражировать. Будто главным мотиватором смены взглядов являются не научные аргументы, а некая политическая атмосфера, связанная с уходом Трампа и приходом Байдена. Как говорил комик Дара О’Брайен, «Зомби как никогда мало, но страх перед зомби может быть сколь угодно большим»!

На мой вкус – не самая лучшая причина для смены мнений.

Подробный разбор теорий происхождения коронавируса и не только смотрите на ближайшем форуме «Ученые против мифов».
Литература:

1. Латынина Ю Побег из Уханя. https://novayagazeta.ru/articles/2021/06/05/pobeg-iz-ukhania.
2. Schlottau K, Rissmann M, Graaf A, Schon J, Sehl J, et al. (2020) SARS-CoV-2 in fruit bats, ferrets, pigs, and chickens: an experimental transmission study. Lancet Microbe 1: e218-e225.
3. Haseltine WA (2021) An Indian SARS-CoV-2 Variant Lands In California. More Danger Ahead? Forbes.
4. Garry RF, Gallaher WR (2020) Naturally occurring indels in multiple coronavirus spikes. https://virological.org/t/naturally-occurring-indels-in-multiple-coronavirus-spikes/560.
5. Zimmer G, Conzelmann KK, Herrler G (2002) Cleavage at the furin consensus sequence RAR/KR(109) and presence of the intervening peptide of the respiratory syncytial virus fusion protein are dispensable for virus replication in cell culture. J Virol 76: 9218-9224.
6. Wu Y, Zhao S (2020) Furin cleavage sites naturally occur in coronaviruses. Stem Cell Res 50: 102115.
7. Belouzard S, Chu VC, Whittaker GR (2009) Activation of the SARS coronavirus spike protein via sequential proteolytic cleavage at two distinct sites. Proc Natl Acad Sci U S A 106: 5871-5876.
8. Cheng J, Zhao Y, Xu G, Zhang K, Jia W, et al. (2019) The S2 Subunit of QX-type Infectious Bronchitis Coronavirus Spike Protein Is an Essential Determinant of Neurotropism. Viruses 11.
9. Bottcher-Friebertshauser E, Klenk HD, Garten W (2013) Activation of influenza viruses by proteases from host cells and bacteria in the human airway epithelium. Pathog Dis 69: 87-100.
10. Tse LV, Hamilton AM, Friling T, Whittaker GR (2014) A novel activation mechanism of avian influenza virus H9N2 by furin. J Virol 88: 1673-1683.
11. Tyshkovskiy A, Panchin AY (2021) There is no evidence of SARS-CoV-2 laboratory origin: Response to Segreto and Deigin (DOI: 10.1002/bies.202000240). Bioessays 43: e2000325.
12. Boni MF, Lemey P, Jiang X, Lam TT, Perry BW, et al. (2020) Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic. Nat Microbiol 5: 1408-1417.
13. WHO Origins of the SARS-CoV-2 virus. https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/who-convened-global-study-of-origins-of-sars-cov-2-china-part-annexes.pdf?sfvrsn=3065bcd8_5.
14. https://theprint.in/science/wuhan-labs-deleted-data-unreported-pneumonia-cases-challenges-to-natural-origins-of-covid/671984/.
15. Rambaut A (2020) Phylogenetic analysis of nCoV-2019 genomes. https://virological.org/t/phylodynamic-analysis-176-genomes-6-mar-2020/356.
16. https://yurideigin.medium.com/lab-made-cov2-genealogy-through-the-lens-of-gain-of-function-research-f96dd7413748.
17. https://habr.com/ru/post/497956/.
18. Segreto R, Deigin Y (2021) The genetic structure of SARS-CoV-2 does not rule out a laboratory origin: SARS-COV-2 chimeric structure and furin cleavage site might be the result of genetic manipulation. Bioessays 43: e2000240.
19. https://habr.com/ru/post/546408/.