Коронавирус и другие пандемии.

Цитата: Doctor_D от 22.06.2020 10:11:49Коронавирусы дают до 10% всех сезонных ОРВИ. С иммунитетом длительностью в 15 лет это врядли возможно.
Кроме того, это не объясняет то, что дети болеют крайне редко и в легкой форме.

Вообще, как я понял, иммунный ответ (клеточный в частности) при ковид-19 вещь пока плохо изученная и местами, противоречивая.

https://pubmed.ncbi.…/32267987/
При ковид-19 наблюдается снижение уровня Т-лимфоцитов у всех пациентов (коррелирует с тяжестью заболевания).
https://pubmed.ncbi.…/32315725/

Возможно.   Коронавирусы бывают разные и никто их систематически не изучал---ибо сезонные ОРВИ предмет неинтересный. То что четыре из них имеют имена совершенно не значит что их всего четыре, скорее всего десятки.  То что описаны два типа: альфа и бета – не значит что их только два. И как гипотеза они – так же как и гриппозные rhinovirus'ы – меняются каждый год, поэтому старый иммунитет может и прокатить а может и нет.  Штаммы гриппа обычно "живут" лет десять, пока групповой иммунитет их полностью не выводит из оборота, но приходят новые.  
15% лет – это кстати из Сингапурской статьи – опять таки на очень маленькой выборке. Т.е. кому-то может и 15 лет, а кому-то нет.

А то что какой-то изначальный иммунититет к Ковиду есть достаточно очевидно: эпидемии (Европа, части США) затухают при антителах где-то порядка 20% населения. Это слишком мало для стадного иммунитета, поэтому однозначно еще процентов 50 населения невосприимчево каким-то другим образом.  

Да, реальной информации слишком мало.  Не только иммунитет.  Я, например, не понимаю : пандемии сезонных коронавирусов вообще бывают? Это вообще-то важно.... А у детей – что явно другое – как у них с дефицитом Д ? – такое вообще наблюдается?  Если нет, то вот и ответ.

ЦитатаПри ковид-19 наблюдается снижение уровня Т-лимфоцитов у всех пациентов (коррелирует с тяжестью заболевания).

Думается это другое.  Предположительно у людей с Т-клетками настроеннами на бетакоронавирус, ковид – как болезнь – не развивается вообще. 

----

Да, вопрос :  в Москве антитела тестируют? Если да, какой % населения их имеет сейчас?

Цитата: mv2014 от 22.06.2020 16:37:53А то что какой-то изначальный иммунититет к Ковиду есть достаточно очевидно: эпидемии (Европа, части США) затухают при антителах где-то порядка 20% населения. Это слишком мало для стадного иммунитета, поэтому однозначно еще процентов 50 населения невосприимчево каким-то другим образом.

Затухаю потому что  50% невосприимчево каким-то другим образом или потому что карантин?

Цитата: digital от 22.06.2020 16:39:35Затухаю потому что  50% невосприимчево каким-то другим образом или потому что карантин?

Я пока не вижу никаких данных что "карантин" уменьшает общее количество заражений где-либо. 

Только замедляет "удовольствие".

Если так, то снятие карантинных мер должно вызывать вспышки в тех и именно тех местах где эпидемия не выгорела... это и видим на юге США и сейчас очень мощно в Индии (где был суровый карантин и держал ситуацию).   А где "выгорела" новых вспышек пока не было, даже после снятия мер (Европа, Северо Восток США).

Цитата: mv2014 от 22.06.2020 16:37:53Возможно.   Коронавирусы бывают разные и никто их систематически не изучал---ибо сезонные ОРВИ предмет неинтересный. То что четыре из них имеют имена совершенно не значит что их всего четыре, скорее всего десятки.  То что описаны два типа: альфа и бета – не значит что их только два. И как гипотеза они – так же как и гриппозные rhinovirus'ы – меняются каждый год, поэтому старый иммунитет может и прокатить а может и нет.  Штаммы гриппа обычно "живут" лет десять, пока групповой иммунитет их полностью не выводит из оборота, но приходят новые.  
15% лет – это кстати из Сингапурской статьи – опять таки на очень маленькой выборке. Т.е. кому-то может и 15 лет, а кому-то нет.

А то что какой-то изначальный иммунититет к Ковиду есть достаточно очевидно: эпидемии (Европа, части США) затухают при антителах где-то порядка 20% населения. Это слишком мало для стадного иммунитета, поэтому однозначно еще процентов 50 населения невосприимчево каким-то другим образом.  

Да, реальной информации слишком мало.  Не только иммунитет.  Я, например, не понимаю : пандемии сезонных коронавирусов вообще бывают? Это вообще-то важно.... А у детей – что явно другое – как у них с дефицитом Д ? – такое вообще наблюдается?  Если нет, то вот и ответ.

Думается это другое.  Предположительно у людей с Т-клетками настроеннами на бетакоронавирус, ковид – как болезнь – не развивается вообще. 

----

Да, вопрос :  в Москве антитела тестируют? Если да, какой % населения их имеет сейчас?

С иммунитетом к ковиду, как я уже говорил- не все понятно. С затуханием, например, тоже. Вот, взять к примеру Иран. Что то там не слишком тухнет. Вопросов больше, чем ответов. Увы, тема сейчас все больше политизируется и, лично у меня, доверие к официальным данным падает.
С детьми, опять же- ситуация здорово отличается от того же гриппа. При гриппе в группе риска как раз дети и пожилые (хотя, Испанка и свиной грипп имели некоторое предпочтение по убийству молодых и здоровых). По идее, иммунитет у детей менее тренирован чем у взрослых, но, возможно, играет роль меньшее количество рецепторов АСЕ2, что тормозит заражение. Но, опять же- принципиальной разницы в числе рецепторов нет. Что касается витамина Д, то у среднестатистического человека, не изнуряющего себя особыми диетами, депо этого жирорастворимого вещества достаточно, чтобы обеспечивать лет 30 как минимум. Для активации его достаточно даже несколько часов в месяц погулять под неярким северным солнышком. Ну, так нам примерно объясняли на занятиях по физиологии.
Коронавирусы (респираторные) циркулируют постоянно, ежегодно вызывая до 10% всех ОРВИ, иммунитет к ним, как я читал, держится в течении года примерно. Они активно мутируют (SARS-COV2 тоже успел мутировать, хотя гуляет совсем мало).
Но, насколько я читал- перекрестного иммунитета между респираторными коронавирусами и SARS/MERS/SARS2 нет.
З.Ы. В Москве по данным тестирования антитела примерно у 15% или около того.

Цитата: D_K от 22.06.2020 16:45:17И где вы там видите падение? Практически по всем видам рост.

Посмотрите внимательнее, что ли.
У тех, что mild- изначально уровень был близок к норме. Потом снижался в течении нескольких дней.
У тяжелый и критических- изначально был более низкий уровень на момент поступления (ниже нормы) и падал быстрее.

Цитата: mv2014 от 22.06.2020 16:52:50Я пока не вижу никаких данных что "карантин" уменьшает общее количество заражений где-либо. 

Только замедляет "удовольствие".

Если так, то снятие карантинных мер должно вызывать вспышки в тех и именно тех местах где эпидемия не выгорела... это и видим на юге США и сейчас очень мощно в Индии (где был суровый карантин и держал ситуацию).   А где "выгорела" новых вспышек пока не было, даже после снятия мер (Европа, Северо Восток США).

г.Ухань. КНР. (Ну и Китай в целом.)
А если карантин неполный и снят до взятия под контроль инфекции- разумеется, заражения будут продолжаться.

Цитата: mv2014 от 22.06.2020 16:37:53Возможно.   Коронавирусы бывают разные и никто их систематически не изучал---ибо сезонные ОРВИ предмет неинтересный. То что четыре из них имеют имена совершенно не значит что их всего четыре, скорее всего десятки.  То что описаны два типа: альфа и бета – не значит что их только два. И как гипотеза они – так же как и гриппозные rhinovirus'ы – меняются каждый год, поэтому старый иммунитет может и прокатить а может и нет.  Штаммы гриппа обычно "живут" лет десять, пока групповой иммунитет их полностью не выводит из оборота, но приходят новые.  
15% лет – это кстати из Сингапурской статьи – опять таки на очень маленькой выборке. Т.е. кому-то может и 15 лет, а кому-то нет.

А то что какой-то изначальный иммунититет к Ковиду есть достаточно очевидно: эпидемии (Европа, части США) затухают при антителах где-то порядка 20% населения. Это слишком мало для стадного иммунитета, поэтому однозначно еще процентов 50 населения невосприимчево каким-то другим образом.  

Да, реальной информации слишком мало.  Не только иммунитет.  Я, например, не понимаю : пандемии сезонных коронавирусов вообще бывают? Это вообще-то важно.... А у детей – что явно другое – как у них с дефицитом Д ? – такое вообще наблюдается?  Если нет, то вот и ответ.

Думается это другое.  Предположительно у людей с Т-клетками настроеннами на бетакоронавирус, ковид – как болезнь – не развивается вообще. 

----

Да, вопрос :  в Москве антитела тестируют? Если да, какой % населения их имеет сейчас?

Около 20%. Рост примерно 2% каждые 10 дней.

Цитата: Doctor_D от 22.06.2020 16:57:00С иммунитетом к ковиду, как я уже говорил- не все понятно. С затуханием, например, тоже. Вот, взять к примеру Иран. Что то там не слишком тухнет. Вопросов больше, чем ответов. Увы, тема сейчас все больше политизируется и, лично у меня, доверие к официальным данным падает.
С детьми, опять же- ситуация здорово отличается от того же гриппа. При гриппе в группе риска как раз дети и пожилые (хотя, Испанка и свиной грипп имели некоторое предпочтение по убийству молодых и здоровых). По идее, иммунитет у детей менее тренирован чем у взрослых, но, возможно, играет роль меньшее количество рецепторов АСЕ2, что тормозит заражение. Но, опять же- принципиальной разницы в числе рецепторов нет. Что касается витамина Д, то у среднестатистического человека, не изнуряющего себя особыми диетами, депо этого жирорастворимого вещества достаточно, чтобы обеспечивать лет 30 как минимум. Для активации его достаточно даже несколько часов в месяц погулять под неярким северным солнышком. Ну, так нам примерно объясняли на занятиях по физиологии.
Коронавирусы (респираторные) циркулируют постоянно, ежегодно вызывая до 10% всех ОРВИ, иммунитет к ним, как я читал, держится в течении года примерно. Они активно мутируют (SARS-COV2 тоже успел мутировать, хотя гуляет совсем мало).
Но, насколько я читал- перекрестного иммунитета между респираторными коронавирусами и SARS/MERS/SARS2 нет.

Иран — ситуация непонятная.   Не очень верю их данным,  и не знаю ключевой информации : насколько иранцы подвижны... если не очень, то эпидемия будет размазана по времени.  Если же их данным верить, то сейчас смертность на 100к   всего 11.6 .. это очень мало.

А на тему перекрестного иммунитета :

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.26.115832v1

ЦитатаThus, infection with betacoronaviruses induces strong and long-lasting T cell immunity to the structural protein NP. Understanding how pre-existing ORF-1-specific T cells present in the general population impact susceptibility and pathogenesis of SARS-CoV-2 infection is of paramount importance for the management of the current COVID-19 pandemic.

Bertoletti  – главный аффтор – вообще производит солидное впечатление. (Я посмотрел на его более старые статьи на другие темы.)

Цитата: Doctor_D от 22.06.2020 17:00:31Посмотрите внимательнее, что ли.
У тех, что mild- изначально уровень был близок к норме. Потом снижался в течении нескольких дней.
У тяжелый и критических- изначально был более низкий уровень на момент поступления (ниже нормы) и падал быстрее.

Вы хоть читаете ссылки которые постите?
62 patients assessed T lymphocyte subsets more than once, including mild-ill (n = 18), severe-ill (n = 22) and critically-ill (n = 22). After 5–14 days in-hospital treatment, the counts of T lymphocyte sub- sets slightly increased than disease onset

Это именно то что показано на рис Fig 2 A о котором вы писали.



(A) Changes of T lymphocyte subsets from disease onset to 5–14 days later in COVID-19 patients (median with IQR).

Цитата: mv2014 от 21.06.2020 18:34:47Но нужно добавить и Т-клеточный иммунитет, который по разным статьям 30%-80%. К сожалению все статьи на эту тему пока имеют маленькую статистику, поэтому такая неточность.

30%-80%
а что это значит - что такой процент населения уже "познакомился" с вирусом ?

Цитата: D_K от 22.06.2020 17:06:54Около 20%. Рост примерно 2% каждые 10 дней.

Спасибо.

Заметим что в Москве эпидемия затухает, а 20% для стадного иммунитета это смешно. В Нью Йорке наверно сейчас 25%, тоже должно быть недостаточно, но как-то хватает...  т.е. надо постулировать "черное тело" в 50% примерно.

Цитата: k3sv от 22.06.2020 17:12:4730%-80%
а что это значит - что такой процент населения уже "познакомился" с вирусом ?

С вирусом, но не ковидом, а его родственником.   Простудным бетакоронавирусом например – это из Сингапурской статьи.  На правах гипотезы : может еще и какими-то бетакоронавирусами от животных, таких много, неизученных, у кошачих и скота, например.

Процесс наверно примерно такой: Т-клеточный иммунитет занимает 7-9 дней чтобы начать работать с нуля.  Для КОВИДа это недостаточно... можете умереть раньше. Но если настроенные Т-клетки уже есть, то они начнут работать сразу.

Цитата: mv2014 от 22.06.2020 07:04:36За самоцитирование извиняюсь, но некая мысля возникла.
Данные о % имеющих иммунитет за счет Т-клеток очень недостоверные (выборки маленькие), поэтому я серьезно не воспринимал что в Сингапуре их видят 80% а в Германии 30%...  однако, наверняка %-ы в разных местах разные.  В связи с этим заметим что HKU1 вообще-то назван в честь Гонгконга где он и был обнаружен... а если так то наверно он в тех краях как следует побродил.   В чью честь OC43 назвали не знаю, но описание этого вируса тоже пришло из Гонгконга....
Не может ли быть так что они именно ответственны за очень низкую результативность Ковида в Восточной Азии? 

Или – вариант – вообще бетакороновирусы (наверняка есть еще и другие, не документированные) – именно с Восточной Азией связаны.

Увы, неясно как это проверить.... но есть так и есть, это было бы забавно.

Для полноты :  посмотрим на алфакоронавирусы... они тоже вызывают простуду, но от Ковида не иммунизируют, другой род/белки.  Их тоже два : 229E описан в Чикаго. NL63 сами догадайтесь (да, правильно, Голландия)

ПЦР (РНК) и ИФА (антитела) это хоть и сложная но все таки химия, причем химия автоматизируемая. Тесты на Т-клеточный иммунитет требуют работы с живыми клетками. Поэтому массового скрининга на Т-лимфоциты не будет (по крайней мере сейчас). В лучшем случае выборки ~ 100, так что имеющаяся информация вполне достоверна.

Цитата: mv2014 от 22.06.2020 16:37:53А то что какой-то изначальный иммунититет к Ковиду есть достаточно очевидно: эпидемии (Европа, части США) затухают при антителах где-то порядка 20% населения. Это слишком мало для стадного иммунитета, поэтому однозначно еще процентов 50 населения невосприимчево каким-то другим образом.

тут такой контраргумент - если 50% населения изначально невосприимчево, то эпидемия вообще бы не пошла
а у нас сначала имеем бурный рост где то 30-50 дней, потом почему то идет сильный спад (в разы),
хотя стадного иммунитета вроде еще не наработалось

Цитата: k3sv от 22.06.2020 17:27:29тут такой контраргумент - если 50% населения изначально невосприимчево, то эпидемия вообще бы не пошла
а у нас сначала имеем бурный рост где то 30-50 дней, потом почему то идет сильный спад (в разы),
хотя стадного иммунитета вроде еще не наработалось

Как мы знаем, вполне себе идет.  Ну да, половина людей что Вы в городе встречаете не заражается,... но ведь и вторая половина есть

А вот сколько нужно невоспиимчевых зависит от вируса.. для кори, которая особо легко распространяется, оценка стадного иммунитета вообще 94%.

Цитата: mv2014 от 22.06.2020 17:10:11Иран — ситуация непонятная.   Не очень верю их данным,  и не знаю ключевой информации : насколько иранцы подвижны... если не очень, то эпидемия будет размазана по времени.  Если же их данным верить, то сейчас смертность на 100к   всего 11.6 .. это очень мало.

А на тему перекрестного иммунитета :

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.26.115832v1\n\n

Bertoletti  – главный аффтор – вообще производит солидное впечатление. (Я посмотрел на его более старые статьи на другие темы.)

Не только Иран. Странностей гораздо больше.
С перекрестным иммунитетом- возможно он есть. Но, тогда бы он был равномерно "размазан" по популяции, а этого не наблюдается (отчетливо видны кластеры заражений). Более того, самыми устойчивыми к коронавирусу должны были оказаться медики, которые с гарантией контактировали со всеми возможными вариантами обычных коронавирусов- но количество зараженных медработников зашкаливает.

Цитата: D_K от 22.06.2020 17:10:35Вы хоть читаете ссылки которые постите?
62 patients assessed T lymphocyte subsets more than once, including mild-ill (n = 18), severe-ill (n = 22) and critically-ill (n = 22). After 5–14 days in-hospital treatment, the counts of T lymphocyte sub- sets slightly increased than disease onset

Это именно то что показано на рис Fig 2 A о котором вы писали.



(A) Changes of T lymphocyte subsets from disease onset to 5–14 days later in COVID-19 patients (median with IQR).

Да, признаю ошибку. Но сути дела это не меняет. Про лимфопению у больных ковид-19 везде пишут. Стандартное проявление болезни.

Цитата: Doctor_D от 22.06.2020 17:40:41Да, признаю ошибку. Но сути дела это не меняет. Про лимфопению у больных ковид-19 везде пишут. Стандартное проявление болезни.

Так может это не следствие а причина, с учетом что количество инфицированных примерно в 10 раз превышает количество зарегистрированных случаев. А из зарегистрированных только 20% имеют тяжелое течение, требующее госпитализации.

Цитата: D_K от 22.06.2020 17:45:36Так может это не следствие а причина, с учетом что количество инфицированных примерно в 10 раз превышает количество зарегистрированных случаев. А из зарегистрированных только 20% имеют тяжелое течение, требующее госпитализации.

Вот здесь https://www.ncbi.nlm…MC7283672/ пишут:

ЦитатаNK cells and CTLs are essential in control of the viral infection. In recent studies, it was shown that about 85% of the severely ill patients of COVID‐19 are suffering the lymphopenia (Huang et al., 2020; Yang et al., 2020). Lymphopenia or lymphocytopenia is the condition with low counts of lymphocytes in the blood. Although T cells could be initially increased at the onset of COVID‐19, these patients tended to have low lymphocyte count; the condition that is associated with increased COVID‐19 severity.

Даже у тяжелых, сначала может быть повышение уровня Т-клеток, но потом уровень снижается по мере утяжеления.
Вероятно, лимфопения это все же, проявление болезни.

Цитата: Doctor_D от 22.06.2020 17:38:49Не только Иран. Странностей гораздо больше.
С перекрестным иммунитетом- возможно он есть. Но, тогда бы он был равномерно "размазан" по популяции, а этого не наблюдается (отчетливо видны кластеры заражений). Более того, самыми устойчивыми к коронавирусу должны были оказаться медики, которые с гарантией контактировали со всеми возможными вариантами обычных коронавирусов- но количество зараженных медработников зашкаливает.

Понятно что есть полно аномалий объясняемыми другими факторами.

Медработники  – предположительно суть в том что они получают сразу большие дозы ковида чем другие. 

Кластеры – ну да, скученность населения  всегда фактор. Особенно скученность людей со слабым иммунитетом (дома престарелых и т.п.).

Теория об изначальном иммунитете (базированным на Т-клетки) вообще-то проверяема довольно быстро по двум показателям:
1.  % населения с антителами не должен достигнуть скажем 40% нигде. 
2.  В местах где "выгорело", второй волны не будет.

В  связи с этим, смотрим еще на одну аномальную страну: Германию.  Смертность на 100к сейчас 10.  Для Западной Европы это очень мало, в шесть раз меньше Италии/Испании.  Поэтому смотрим на новости и видим сегодня такое:

Germany's R rate jumps from 1.79 to 2.88 in one day amid concerns the country could see a second wave of Covid-19



Вот если такое придет из Испании/Италии/Франции/Бельгии.... то это будет проблема.