Существует такой документ
"Положение о порядке принятия на вооружение (снабжение, в эксплуатацию) Вооруженных Сил Российской Федерации, других войск, воинских формирований и органов образцов (комплексов, систем) ВВСТ и военно-технического имущества". Документ этот утвержден, емнип, постановлением правительства и в нем подробно оговаривается, что и как принимается на вооружение, что и как на снабжение. Как точно производится деление по категориям "снабжение"/"вооружение" врать не буду, точно не знаю. Вроде бы разделение идет по уровню ТТЗ/ТЗ, т.е., то что разрабатывалось по ТТЗ принимается на вооружение, что по ТЗ - на снабжение, но это если мне не изменяет склероз. А он мне в последнее время изменяет частенько.
Совершенно точно разделение на "вооружение/снабжение" никак не связано с полнотой отработки документации, литерой, выполнением требованиям ТЗ, результатами испытаний и т.п. вещам. Строго говоря, при принятии на вооружении сложных комплексов практически никогда не удавалось обеспечить полное выполнение требований ТТЗ. Сплошь и рядом сложные вещи принимались на вооружение одновременно с постановлением об открытии оперативной ОКР по доведению характеристик изделия "Крыжополь"
до требований ТТТ, разработкой различных ПОНп, ПОНэ и т.д.
Что касается ЯК-28, то интрига там носит чисто аппаратный характер. Насколько я помню, для принятия на снабжение по тогдашнему "Положению..." не требовалось обязательных виз ряда должностных лиц ВВС с которыми Яковлев не смог договорится. Нашли какие-то сугубо формальные основания и пропихнули принятие самоля на снабжение. Исключительно бюрократический финт ушами, далеко не единственный в истории нашего ВПК