Немного не так: из носа - в любое время, утром натощак - из ротовой полости.
Мое личное мнение - ПЦР тест показывает только ареал распространения вируса, его нельзя использовать для диагностики болен (заражен) ли человек или нет.
Как и тест на антитела - показывает только факт, встречался ли организм человека с вирусом.
Так в частности первичный тест на ВИЧ-позитивность, это тест на наличие специфических антител. Он показывает - организм встретился с ВИЧ или нет. И при этом ни наличие антител, ни их количество совершенно не говорит о том, что человек защищен. Человеку с ВИЧ нужно лечиться, никакие антитела его не спасут.
И тут необходимо провести параллель с ковид, когда идет меряние антителами и требование ревакцинации потому что "упало" количество антител и нужно поднять их количество чтобы защититься...
Ну а с ВИЧ - после положительного первичного теста проводят детальный тест, например Вестерн-блоттинг, который длится 4-6 недель и там исследуют образцы что называется "вручную". И только на его основании выносят окончательный анализ. Это на ваш вопрос по альтернативе.
По аналогии - вакцина классического типа даст положительный тест, а равно и переболевание другими короновирусами. Новомодные - содержат информацию о спайк-белках, а ПЦР должен искать другую последовательность, поэтому реагировать не должен. Но тут может сыграть непредсказуемость бактерий и вытекающая из этого неточность теста...