Если очень кратко. Постоянно совершая, скажем так, многочисленные измерения сигналов от космических аппаратов (их должно быть не менее 4-х) и зная их модель движения по орбите (эфемериды) бортовой компьютер может вычислить расстояние до каждого из них и доплеровское смещение фаз,а из этих данных получить псевдодальность и псевдоскорость. Потом, с помощью сложных танцев с бубном вычисляются собственные координаты, вектор скорости и точное время.
Зная, куда боеприпас должен прилететь, зная свои координаты и траекторию, с помощью одного из многочисленных методов вычисляются необходимые команды на исполнительные органы, которые компенсируют отклонение.