Всё, что мне удалось собрать о короновирусе

Коронавирусы - это группа родственных вирусов, которые вызывают заболевания у млекопитающих и птиц .
У людей коронавирусы вызывают легкие инфекции дыхательных путей , такие как некоторые случаи простуды (среди прочих возможных причин, преимущественно риновирусов ),и другие, которые могут быть смертельными, такие как SARS , MERS и COVID-19 . Симптомы у других видов различны: у кур они вызывают заболевание верхних дыхательных путей , а у коров и свиней - диарею .
До сих пор не существует вакцин или противовирусных препаратов для профилактики или лечения коронавирусных инфекций человека.
Человеческие коронавирусы были впервые обнаружены в конце 1960-х годов.
Самыми ранними из обнаруженных были вирус инфекционного бронхита у кур и два у человека с простудой (позже названный человеческим коронавирусом 229E и человеческим коронавирусом OC43 ).
С тех пор были идентифицированы другие члены этого семейства, включая SARS-CoV в 2003 году, HCoV NL63 в 2004 году, HKU1 в 2005 году, MERS-CoV в 2012 году и SARS-CoV-2 (ранее известный как 2019-nCoV) в 2019.
Большинство из них связаны с серьезными инфекциями дыхательных путей .

Эволюция коронавируса

ЦитатаПо оценкам, самый последний общий предок (MRCA) всех коронавирусов существовал совсем недавно, до 8000 г. до н.э. ,
хотя некоторые модели откладывают MRCA еще на 55 миллионов лет или более, что подразумевает долгосрочную коэволюцию с летучими мышами.
MRCA линии альфа-коронавируса существовали примерно в 2400 г. до н.э., линия бета-коронавируса - в 3300 г. до н.э., линия гамма-коронавируса - в 2800 г. до н.э.,
а линия дельта-коронавируса - примерно в 3000 г. до н.э.
Похоже, летучие мыши и птицы, как теплокровные летающие позвоночные, являются идеальными хозяевами для источника генов коронавируса
с летучими мышами для альфа-коронавируса и бета-коронавируса, а птицы для гамма-коронавируса и дельтакоронавируса) для стимулирования эволюции и распространения коронавируса.

Коронавирус крупного рогатого скота и респираторные коронавирусы собак недавно отошли от общего предка (~ 1950).
Бычий коронавирус и человеческий коронавирус OC43 расходились примерно в 1890-х годах. Бычий коронавирус отошел от лошадиного вида коронавируса в конце 18-го века.

MRCA коронавируса человека OC43 датируется 1950-ми годами.
MERS-CoV, хотя и относится к нескольким видам коронавирусов летучих мышей, похоже, отличается от них несколько веков назад.
Человеческий коронавирус NL63 и коронавирус летучей мыши совместно использовали MRCA 563–822 года назад.

Наиболее близкородственный коронавирус летучей мыши и SARS-CoV разошлись в 1986 году.  
Был предложен путь эволюции вируса SARS и тесной связи с летучими мышами.
Авторы предполагают, что коронавирусы долгое время развивались вместе с летучими мышами, и предки SARS-CoV сначала заразили виды рода Hipposideridae ,
затем распространились на виды Rhinolophidae, а затем на циветт и, наконец, на людей.

Коронавирус альпаки и человеческий коронавирус 229E отличались до 1960 года.

Человеческие коронавирусы.

ЦитатаАльфа-коронавирусы HCoV-229E, HCoV-NL63
Бета-коронавирусы HCoV-HKU1, HCoV-OC43,  MERS-CoV, SARS-CoV, SARS-CoV-2.
Из известных семи штаммов человеческих коронавирусов, четыре вызывают обычно легкие симптомы простуды .
1. HCoV-OC43
2. HCoV-HKU1
3. HCoV-NL63
4. HCoV-229E
А три других могут вызывать более серьезные симптомы
1. MERS-CoV (обнаружен в июне 2012 г. в Джидда, Саудовская Аравия)
2. SARS-CoV (обнаружен в ноябре 2002 г. в Гуандун, Китай)
3. SARS-CoV-2. (обнаружен в декабре 2019 г. в Ухани, Китай)

Коронавирус человека HKU1

ЦитатаЧеловеческий коронавирус HKU1 ( HCoV-HKU1 ) представляет собой вид коронавируса, который произошел от инфицированных мышей. У людей инфекция приводит к заболеванию верхних дыхательных путей с симптомами простуды, но может прогрессировать до пневмонии и бронхиолита.
HCoV-HKU1 был впервые выявлен в январе 2005 года у 71-летнего мужчины, который был госпитализирован с острым респираторным дистрессом и рентгенологически подтвержденной двусторонней пневмонией. Этот человек недавно вернулся в Гонконг из Шэньчжэня, Китай .
Анализ результатов обратного исследования SARS-отрицательных аспиратов из носоглотки от пациентов с респираторными заболеваниями в период SARS в 2003 году выявил присутствие РНК CoV-HKU1 в образце 35-летней женщины с пневмонией.
Первые известные случаи в Западном полушарии были обнаружены в 2005 году после анализа более старых образцов клиническими вирусологами из больницы Йель-Нью-Хейвен в Нью-Хейвене, штат Коннектикут, которым было любопытно узнать, был ли HCoV-HKU1 в их районе. Они провели исследование 851 новорожденного и ребенка в течение 7-недельного периода с декабря 2001 года по декабрь 2002 года.

Коронавирус человека NL63
Цитата

ЦитатаЧеловеческий коронавирус NL63 или HCoV-NL63 - это вид коронавируса, который был выявлен в конце 2004 года у семимесячного ребенка с бронхиолитом в Нидерландах.
Заражающий вирус представляет собой оболочечный одноцепочечный РНК-вирус, который поступает в клетку-хозяина через рецептор ACE2 .
Вирус обнаруживается в основном у детей младшего возраста, пожилых людей и пациентов с ослабленным иммунитетом с острыми респираторными заболеваниями.
Вирус имеет сезонность в странах с умеренным климатом . Исследование, проведенное в Амстердаме, оценило наличие HCoV-NL63 примерно в 4,7% распространенных респираторных заболеваний.
Дальнейшие исследования подтвердили, что вирус является не новым вирусом, а вирусом, который постоянно циркулирует в человеческой популяции.
Вирус произошел от зараженных пальмовых Paradoxurus и летучих мышей. Оценки его мутации от HCoV-229E произошли вероятно около 1000 лет назад ,
он циркулировал у людей на протяжении веков.
Исследование клинических симптомов у пациентов с HCoV-NL63 без вторичной инфекции показало, что наиболее распространенными симптомами являются лихорадка, кашель, ринит , боль в горле, хрипота, бронхит , бронхиолит , пневмония и ларинготрахеобронхит
Считается, что путь распространения HCoV-NL63 лежит через прямую передачу от человека к человеку в густонаселенных районах. Вирус может выживать до недели вне организма в водных растворах при комнатной температуре и три часа на сухих поверхностях.
Большинство людей переболеют коронавирусом в течение жизни, но некоторые группы населения более восприимчивы к HCoV-NL63.

Коронавирус человека OC43

ЦитатаКоронавирус человека OC43 (HCoV-OC43) является представителем вида Betacoronavirus 1, который поражает людей и крупный рогатый скот.
Он проникает в клетку-хозяина, связываясь с рецептором N-ацетил-9-O-ацетилнейраминовой кислоты  и вызывает простуду, а также тяжелые
инфекции нижних дыхательных путей, включая пневмонию у младенцев, пожилых людей и людей с ослабленным иммунитетом, таких как те, которые проходят химиотерапию и те, у кого ВИЧ-СПИД.
Коронавирус распространен по всему миру, вызывая 10–15% случаев простуды. Инфекции показывают сезонную картину с большинством случаев происходящих в зимние месяцы.

Коронавирус человека 229E
Цитата

ЦитатаЧеловеческий коронавирус 229E (HCoV-229E) представляет собой вид коронавируса, который поражает людей и летучих мышей.
Он проникает в клетку-хозяина, связываясь с рецептором APN . Является представителем рода Alphacoronavirus и подрода Duvinacovirus .
HCoV-229E передается через капельное дыхание и предметы.
HCoV-229E ассоциируется с рядом респираторных симптомов, варьирующихся от простуды до исходов с высокой заболеваемостью, таких как пневмония и бронхиолит.

Ближневосточный респираторный синдром, связанный с коронавирусом (MERS-CoV )

ЦитатаЦитата
Связанный с ближневосточным респираторным синдромом коронавирус ( MERS-CoV ) или EMC / 2012 ( HCoV-EMC / 2012 )
является видом коронавируса, который поражает людей, летучих мышей и верблюдов.
Он проникает в клетку-хозяина, связываясь с рецептором DPP4 .
Первоначально названный новым коронавирусом 2012 года (2012-nCoV) или просто новым коронавирусом (nCoV),
об этом впервые сообщили в 2012 году после секвенирования генома вируса, выделенного из образцов мокроты от человека, который заболел во время вспышки нового гриппа в 2012 году респираторны заболеванием.
По состоянию на июль 2015 года случаи заболевания MERS-CoV были зарегистрированы более чем в 21 стране, включая Саудовскую Аравию, Иорданию , Катар, Египет,
Объединенные Арабские Эмираты, Кувейт, Турцию, Оман, Алжир, Бангладеш, Индонезию, Австрию, Соединенное Королевство, Южная Корея,  Соединенные Штаты,
материковый Китай , Таиланд и Филиппины. MERS-CoV является одним из нескольких вирусов, определенных ВОЗ как вероятная причина будущей эпидемии.

Тяжелый острый респираторный синдром Коронавирус ( SARS-CoV )

ЦитатаЦитата
SARS-CoV  является штаммом вируса , вызывающим тяжелый острый респираторный синдром (SARS).
Он проникает в клетку-хозяина, связываясь с рецептором ACE2 , заражает людей , летучих мышей, пальмовых раков и поражает эпителиальные клетки в легких. [
16 апреля 2003 г., после вспышки атипичной пневмонии в Азии и вторичных случаев в других странах мира, Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) выпустила пресс-релиз,
в котором говорится, что коронавирус, выявленный рядом лабораторий, является официальной причиной атипичной пневмонии.
SARS, или тяжелый острый респираторный синдром , является заболеванием, вызванным SARS-CoV.
Он часто вызывает тяжелое заболевание и первоначально характеризуется системными симптомами мышечной боли ,
головной боли и лихорадки , затем через 2–14 дней появляются респираторные симптомы, главным образом кашель, одышка и пневмония .
Другим распространенным открытием у пациентов с ОРВИ является уменьшение количества лимфоцитов, циркулирующих в крови.
Во время вспышки атипичной пневмонии в 2003 году около 9% пациентов с подтвержденной инфекцией SARS-CoV умерли.  
Уровень смертности был намного выше для людей старше 60 лет, причем уровень смертности для этой группы пациентов приближался к 50%.

Тяжелый острый респираторный синдром коронавирус 2 ( SARS-CoV-2 )

ЦитатаSARS-CoV-2  ранее известен под предварительным названием новый коронавирус 2019 ( 2019-nCoV ).
Он проникает в клетку-хозяина, связываясь с рецептором ACE2.
SARS-CoV-2 имеет близкое генетическое сходство с коронавирусами летучих мышей, что позволяет предположить, что он возник из вируса летучих мышей.
Также считается, что промежуточным носителем для передачи его от живатных к людям является панголин (чешуйчатый муравьед)
(7 февраля 2020 года было объявлено, что исследователи из Гуанчжоу обнаружили образец панголина с последовательностью вирусной нуклеиновой кислоты, "99% идентичной" SARS-CoV-2.),
С таксономической точки зрения SARS-CoV-2 классифицируется как штамм коронавируса, связанного с тяжелым острым респираторным синдромом (SARSr-CoV).
Передача от человека к человеку происходит главным образом через респираторные капли от кашля и чихания на расстоянии около 2 метров.
Косвенный контакт через загрязненные поверхности является еще одной возможной причиной заражения.
Предварительные исследования показывают, что вирус может оставаться жизнеспособным на пластмассе и стали до трех дней,
но не выживает на картоне более одного дня или на меди более четырех часов; вирус инактивируется мылом.
Вирусная РНК была также обнаружена в образцах стула от инфицированных людей.
Является ли вирус инфекционным в течение инкубационного периода , неизвестно.  
1 февраля 2020 г. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) указала, что «передача от бессимптомных случаев, вероятно, не является основной причиной передачи».
Тем не менее, эпидемиологическая модель начала вспышки в Китае предположила,
что «доклиптоматическое выделение может быть типичным среди документированных инфекций» и что субклинические инфекции могли быть источником большинства инфекций.
Способность передачи от человека к человеку оценивается как R0 = 1.4 - 3.9.