Коронавирус и другие пандемии.
6,991,686
32,279
|
Анатолий,Севастополь ( Слушатель ) |
| 10 апр 2020 09:49:13 |
ваш результат зависит от того, ВМЕСТЕ С КЕМ вас тестировали
новая дискуссия Дискуссия 463
Ну это может быть например вот так. ПЦР (которым меряют viral load) обычно делается на машине типа такой:
(здесь должна быть картинка)
Это означает, что за один раз там прогоняют 96 образцов от 96 пациентов (скорее всего они еще включают контрол, но для простоты будем считать что 96 пацентов. Бывают еще и на 384, там вообще ТУЧА пациентов получается).
(здесь должна быть картинка)
FG-210250-Fast-Gene-white-96-well-PCR-Plate-0
Машина выдает график и цифры (ну любой график строится по цифрам, это как бы само собой понятно). Графики и циферки примерно вот такие:
(здесь должна быть картинка)
Selection-054
Зеленые сигмоидные кривые слева вверху - это графики всех 96 образцов. На картинке, чем кривая левее, тем в ней больше вируса. СУТЬ: кривые будут НА РАЗНЫХ УРОВНЯХ, в смысле нету такого что "все положительные слева, а все отрицательные справа". Они будут раскиданы. Там будет распределение.
Зеленая горизонтальная линия - это трэшхолд (не знаю я как это по-русски называют и мне пофиг), она автоматически выводится машиной на основании "среднего по больнице", то есть чтоб зачерпывала все левые и все правые линии. (На картинке это еще идеальный вариант, кривые в реале бывают НАМНОГО кривее)
Для примера - вот вам вот такая реальная хренотень, которую человек получил из какого-то своего эксперимента: всё вообще разбросано нахрен.
(здесь должна быть картинка)
Selection-050
Затем машина для каждого из 96 образцов выдает циферку (справа внизу), которая выводится из точки пересечения зеленого горизонтального трэшхолда с зеленой сигмоидной кривулькой. И эта единственная цифра-точка считается "результатом".
Даже дебилу понятно, что эта цифра всецело зависит от того, ГДЕ машина проведет зеленую горизонтальную трэшхолдину.
Другими словами, если у нас есть пациенты-старушки, умирающие от коронавируса и давшие нам ТУЧУ вируса, который отобразится как кривая "слева-слева", то все остальные образцы будут, к сожалению, зависеть от этого. То есть, тупо, ваш результат зависит от того, ВМЕСТЕ С КЕМ вас тестировали.
Если у нас наблюдается разброс пациентов, есть "тяжелые", "средние" и "малые" и "нулевые", то результат тех, кто где-то посередине, будет сильно зависеть от того, вместе с кем их гоняли на машине.
Это относительная квантификация.
Бывает еще так называемая "абсолютная квантификация", когда в контрол включаются "чистенькие" образцы для контроля, но механизм работы машины все равно тот же самый. На тему этого я не буду распространяться, там можно спорить-успориться, принцип работы машины все равно всегда один и тот же: она множит имеющееся ДНК, рисует кривульки [в зависимости от машины эти кривульки могут даже не отображаться никогда], а потом СРАВНИВАЕТ кривульки с чем-нибудь, с чем ей сказали сравнить. И результат сильно зависит от того, что с чем сравнивать.
Ну это вот объяснение тому, как так может получиться, что "ой, ваш образец получился непонятно какой, то ли положительный, то ли отрицательный".
Да, есть пути уменьшения ошибки, да, здесь на картинках вариант с сайбер-грином, а с коронавирусом я не знаю что они используют, есть всякие разные варианты энзимов, но принцип все равно один и тот же. Прогнать X образцов и посравнивать их друг с другом на основе зеленых сигмоидных кривых.
https://aridmoors.li…e#comments (у меня картинки не вставляются, можете их посмотреть в бложике)
(здесь должна быть картинка)
Это означает, что за один раз там прогоняют 96 образцов от 96 пациентов (скорее всего они еще включают контрол, но для простоты будем считать что 96 пацентов. Бывают еще и на 384, там вообще ТУЧА пациентов получается).
(здесь должна быть картинка)
FG-210250-Fast-Gene-white-96-well-PCR-Plate-0
Машина выдает график и цифры (ну любой график строится по цифрам, это как бы само собой понятно). Графики и циферки примерно вот такие:
(здесь должна быть картинка)
Selection-054
Зеленые сигмоидные кривые слева вверху - это графики всех 96 образцов. На картинке, чем кривая левее, тем в ней больше вируса. СУТЬ: кривые будут НА РАЗНЫХ УРОВНЯХ, в смысле нету такого что "все положительные слева, а все отрицательные справа". Они будут раскиданы. Там будет распределение.
Зеленая горизонтальная линия - это трэшхолд (не знаю я как это по-русски называют и мне пофиг), она автоматически выводится машиной на основании "среднего по больнице", то есть чтоб зачерпывала все левые и все правые линии. (На картинке это еще идеальный вариант, кривые в реале бывают НАМНОГО кривее)
Для примера - вот вам вот такая реальная хренотень, которую человек получил из какого-то своего эксперимента: всё вообще разбросано нахрен.
(здесь должна быть картинка)
Selection-050
Затем машина для каждого из 96 образцов выдает циферку (справа внизу), которая выводится из точки пересечения зеленого горизонтального трэшхолда с зеленой сигмоидной кривулькой. И эта единственная цифра-точка считается "результатом".
Даже дебилу понятно, что эта цифра всецело зависит от того, ГДЕ машина проведет зеленую горизонтальную трэшхолдину.
Другими словами, если у нас есть пациенты-старушки, умирающие от коронавируса и давшие нам ТУЧУ вируса, который отобразится как кривая "слева-слева", то все остальные образцы будут, к сожалению, зависеть от этого. То есть, тупо, ваш результат зависит от того, ВМЕСТЕ С КЕМ вас тестировали.
Если у нас наблюдается разброс пациентов, есть "тяжелые", "средние" и "малые" и "нулевые", то результат тех, кто где-то посередине, будет сильно зависеть от того, вместе с кем их гоняли на машине.
Это относительная квантификация.
Бывает еще так называемая "абсолютная квантификация", когда в контрол включаются "чистенькие" образцы для контроля, но механизм работы машины все равно тот же самый. На тему этого я не буду распространяться, там можно спорить-успориться, принцип работы машины все равно всегда один и тот же: она множит имеющееся ДНК, рисует кривульки [в зависимости от машины эти кривульки могут даже не отображаться никогда], а потом СРАВНИВАЕТ кривульки с чем-нибудь, с чем ей сказали сравнить. И результат сильно зависит от того, что с чем сравнивать.
Ну это вот объяснение тому, как так может получиться, что "ой, ваш образец получился непонятно какой, то ли положительный, то ли отрицательный".
Да, есть пути уменьшения ошибки, да, здесь на картинках вариант с сайбер-грином, а с коронавирусом я не знаю что они используют, есть всякие разные варианты энзимов, но принцип все равно один и тот же. Прогнать X образцов и посравнивать их друг с другом на основе зеленых сигмоидных кривых.
https://aridmoors.li…e#comments (у меня картинки не вставляются, можете их посмотреть в бложике)
Отредактировано: Анатолий,Севастополь - 10 апр 2020 09:50:24
ОТВЕТЫ (2)
|
D_K ( Слушатель ) |
| 10 апр 2020 10:00:53 |
Так для того чтобы уменьшить эту зависимость и вводят положительный и отрицательный образцы. Они кроме того ещё показывают что подготовительные процедуры правильно проведены. Претензии к первым векторовским тест-системам как раз и заключались в отсутствии положительного образца.
|
Ivolgat ( Слушатель ) |
| 10 апр 2020 10:20:23 |
В любом тесте есть положительный и отрицательный контроль, по отношению к ним и считают. Не постите откровенную ерунду!