Она стала шестой станцией МЦД на территории Московской области, где провели масштабную реконструкцию в 2020 году.
Новый пригородный вокзал заменил обычную железнодорожную платформу и отвечает всем стандартам МЦД: обустроены две платформы с навесами, расширен пешеходный переход.
При проведении работ по реконструкции удалось сохранить историческое здание вокзала. Со стороны привокзальной площади построен пассажирский павильон, подъёмы и спуски на новую островную платформу оснащены шестью эскалаторами и четырьмя лифтами. Ежедневный пассажиропоток станции превышает 20 тысяч человек в сутки, в 2025 году может достичь 33,4 тысячи, в 2030-м — 43,4 тысячи.
Станция Подольск — одна из ключевых станций для организации движения поездов на МЦД-2, который объединяет Курское и Рижское направления Московской железной дороги. Протяженность МЦД-2 от Нахабина до Подольска составляет 80 километров, общее время в пути -122 минуты. Интервал между поездами — 6 минут. Пассажиропоток — 69 миллионов пассажиров в год.