Геномная эпидемиология ранних стадий вспышки SARS-CoV-2 в России

Ранняя стадия охватывает период "март 2020 — апрель 2020"

По наводке с:

ЦитатаВ одном из самых авторитетных научных журналов вышла публикация про варианты SARS-СoV-2 на территории России. Так как материал очень актуальный, размещаю эту ссылку для тех, кому очень хочется узнать подробности. Чуть позже будет разбор в «Конспектах Юджина» и здесь. И ещё в ближайшее время выйдет полный перевод этой статьи от Медача.
https://t.me/covid19_docmed/176

Статья на английском:
Геномная эпидемиология ранних стадий вспышки SARS-CoV-2 в России.
Genomic epidemiology of the early stages of the SARS-CoV-2 outbreak in Russia
Andrey B. Komissarov, Ksenia R. Safina, Sofya K. Garushyants, Artem V. Fadeev, Mariia V. Sergeeva, Anna A. Ivanova, Daria M. Danilenko, Dmitry Lioznov, Olga V. Shneider, Nikita Shvyrev, Vadim Spirin, Dmitry Glyzin, Vladimir Shchur & Georgii A. Bazykin 
Nature Communications volume 12, Article number: 649 (2021) 
(Nature Communications - это рецензируемый научный журнал с открытым доступом, который издается Nature Research с 2010 года. )

Несколько занятных графиков:
Рис. 1

Рис. 2

Рис 5


Перевод абстракта:

ЦитатаАнализируем появление SARS-CoV-2 в России в марте и апреле 2020 года. Сочетая филогеографический анализ с данными истории путешествий, мы оцениваем, что выборочное вирусное разнообразие произошло как минимум в результате 67 тесно синхронизированных интродукций [Прим.: завоз внедрение вирусов] в Россию, в основном в конце С февраля по начало марта. Все, кроме одного, были введены не из Китая, что свидетельствует о том, что закрытие границы с Китаем помогло задержать распространение SARS-CoV-2 в России. В результате этих интродукций было получено по крайней мере 9 отдельных российских линий передачи [Прим.: в инфографике lineage], соответствующих внутренней передаче. Заметный кластер передачи соответствовал внутрибольничной вспышке в больнице Вреден в Санкт-Петербурге [Прим:.  ФГБУ "НМИЦ ТО им. Р.Р. Вредена" ]; Филодинамический анализ этого кластера выявляет множественные (2-3) интродукции, каждая из которых приводит к большому количеству случаев с высоким начальным эффективным числом воспроизводств 3,0 [1.9, 4.3].
Все, кроме одного, были введены не из Китая, что свидетельствует о том, что закрытие границы с Китаем помогло задержать распространение SARS-CoV-2 в России.

"Прим:." моё

---

И в дополнение, что желательно получать больше данных и проводить больше подобных исследований:

ЦитатаДиректор Национального исследовательского центра эпидемиологии и микробиологии имени Н. Ф. Гамалеи Александр Гинцбург считает, что в России производится недостаточный мониторинг за вирусами, а также их мутациями. Ученый выразил мнение, что в стране должен быть создан Институт сывороток, благодаря которому можно будет выделять новые штаммы и прогнозировать их влияние на организм человека, а также перепроверять защитные свойства вакцин.

"Должен быть современный эпиднадзор за циркулирующими штаммами. Англичане выделили новый штамм коронавируса не потому, что он у них появился, а потому что у них есть система выделения таких штаммов. Они в месяц секвенируют порядка 20 тыс. [вирусов] , мы за год определили 1,5 тыс.  при населении в три раза больше. Чтобы достичь того уровня охвата, который есть в Англии, мы должны секвенировать 60 тыс. Надо иметь штат людей, вычислительных математиков, которые на основе этого могут построить генетическое дерево всех штаммов, которые выделили, установить между ними родственные связи и отслеживать те связи, которые наиболее быстро накапливают мутации", - сообщил он ТАСС.

12 января 2021
tass.ru