Источником финансирования проекта являются добровольные пожертвования частных лиц, а также помощь от организации «Мемориал», Европейской комиссии и Международного партнёрства по правам человека (институциональные жертвователи обеспечивают порядка 70% бюджета). За 2018 год «ОВД-Инфо» удалось собрать более 19,8 млн рублей, из них около 5,66 млн краудфандингом.
Российские банки — «Тинькофф», «Альфа-банк» и «ВТБ 24» — отказали «ОВД-Инфо» в эквайринге для сбора пожертвований. В 2013 году Прокуратура Российской Федерации потребовала у организации «Мемориал» зарегистрироваться в качестве иностранного агента, поскольку она получает финансирование из-за границы для поддержки проекта «ОВД-Инфо», который был расценён прокуратурой как политический. По мнению прокуратуры, часть данных «ОВД-Инфо» о преследованиях по политическим мотивам не объективна. Однако «ОВД-Инфо» свою политическую направленность отрицает