Не пойму вас, чисто теоретически траектория через южный полюс дальше чем через северный, следовательно:
1) Высота пролета над южным полюсом будет больше чем над северным.
2) Особенно опасны ракеты перехватчики на начальной части траектории, до разделения боеголовок и ложных целей, размещенные в европе, если ракеты полетят через южный полюс то эти противоракеты курят бамбук.
3) Если все даже точно так как вы и говорите, то для перехвата надо будет размещать средства обнаружения, а также средства перехвата в указанных вами районах, то есть произвести и поставить на боевое дежурство еще один комплект ПРО, такой же как для ракет летящих через северный полюс, причем не на своей территории а за границей. Обойдется это очень дорого, в разы дороже чем уже существующая система ПРО.
Так что есть повод чепчики побросать.