Однако, как мы знаем, человеческая SARS-CoV и SARS-подобная CoV цивитной пальмы промежуточного хозяина имели 99,8% гомологии, с общим количеством 202 однонуклеотидных (nt) вариаций (SNV), идентифицированных по всему геному [
6 ]. Учитывая, что между человеческим SARS-CoV-2 и RaTG13-CoV летучей мыши существует разница более 1100 нт [
4]], которые распределены по всему геному естественным образом в соответствии с эволюционными характеристиками, типичными для CoV, весьма маловероятно, что RaTG13 CoV является непосредственным источником SARS-CoV-2. Отсутствие логического целевого паттерна в новых вирусных последовательностях и близкого родственника у видов диких животных (летучих мышей) являются наиболее показательными признаками того, что SARS-CoV-2 эволюционировал в результате естественной эволюции. Поиск промежуточного животного-хозяина между летучими мышами и людьми необходим для выявления CoV животных, более тесно связанных с SARS-CoV-2 человека. Существует предположение, что панголины могут нести CoVs, тесно связанные с SARS-CoV-2, но данные для подтверждения этого еще не опубликованы (
https://www.nature.com/articles/d41586-020-00364-2 ).
Еще одно утверждение в китайских социальных сетях указывает на статью Nature Medicine, опубликованную в 2015 году [
7 ], в которой сообщается о создании химерного CoV с геном CoV S летучей мыши (SHC014) в позвоночнике SARS CoV, который адаптирован для заражения мышей ( MA15) и способен заражать клетки человека [
8 ]. Однако в этом утверждении отсутствуют какие-либо научные основания, и его следует сбрасывать со счетов из-за значительного расхождения в генетической последовательности этой конструкции с новым SARS-CoV-2 (> 5000 нуклеотидов).
Адаптированный на мышь вирус SARS (MA15) [
9 ] был создан путем серийного пассирования инфекционного клона SARS CoV дикого типа в дыхательных путях мышей BALB / c. После 15 пассажей у мышей SARS-CoV приобрел повышенную репликацию и патогенез легких у старых мышей (следовательно, M15) из-за шести кодирующих генетических мутаций, связанных с адаптацией мыши. Вероятно, что MA15 сильно ослаблен, чтобы реплицироваться в клетках человека или пациентах из-за мышиной адаптации.
Было высказано предположение, что ген S из CoV, происходящего от летучих мышей, в отличие от вируса, полученного от пациентов или цивитов человека, не может использовать человеческий ACE2 в качестве рецептора для проникновения в клетки человека [
10 ,
11 ]. Предполагалось, что циветы являются промежуточным хозяином летучих мышей CoV, способных распространять CoV SARS среди людей [
6 ,
12 ]. Однако в 2013 году несколько новых коронавирусов летучих мышей были выделены из китайских подковообразных летучих мышей, и SARS-подобная или SL-CoV-WIV1 летучая мышь смогла использовать ACE2 от людей, циветт и китайских подковообразных летучих мышей для входа [
8 ]. В сочетании с эволюционными данными, что ген ACE2 летучей мыши был положительно выбран в тех же местах контакта, что и ген ACE2 человека, для взаимодействия с SARS CoV [
13] было высказано предположение, что промежуточный хозяин может не понадобиться и что некоторые летучие мыши SL-CoV могут быть способны непосредственно заражать людей-хозяев. Чтобы непосредственно рассмотреть эту возможность, был синтезирован точный ген S коронавируса летучей мыши SL-SHC014, который был использован для создания химерного вируса в мышиной адаптированной магистрали SARS-CoV MA15. Полученный вирус SL-SHC014-MA15 действительно может эффективно использовать человеческий ACE2 и реплицироваться в первичных клетках дыхательных путей человека до тех же титров, что и эпидемические штаммы SARS-CoV. В то время как SL-SHC014-MA15 может эффективно реплицироваться в легких молодых и старых мышей, инфекция была ослаблена, и в эпителии дыхательных путей было меньше вирусного антигена по сравнению с SARS MA15, что вызывает летальные исходы у старых мышей [
7 ].
В связи с повышенной патогенной активностью химерного вируса SHC014-MA15 относительно химерного вируса MA15 с исходным геном SARS S человека на мышах, такие эксперименты с химерным вирусом SL-SHC014-MA15 позднее были ограничены в исследованиях усиления функции (GOF) в предписанная правительством США политика приостановки (
https://www.nih.gov/about-nih/who-we-are/nih-director/statements/nih-lifts-funding-pause-gain-function-research ). Нынешняя эпидемия COVID-2019 возобновила дискуссию о рисках создания таких вирусов, которые могут иметь пандемический потенциал, независимо от того, что эти летучие мыши CoV уже существуют в природе. Несмотря на это, после тщательного филогенетического анализа несколькими международными группами [
5 ,
14], SARS-CoV-2, несомненно, отличается от SL-SHC014-MA15 с> 6000 нуклеотидными различиями по всему геному. Следовательно, еще раз нет достоверных доказательств в поддержку утверждения о том, что SARS-CoV-2 получен из химерного вируса SL-SHC014-MA15.
Также ходят слухи о том, что SARS-CoV-2 был искусственно или преднамеренно сделан людьми в лаборатории, и это подчеркивается в одной рукописи, представленной в BioRxiv (сайт обмена рукописями до любой рецензии), утверждая, что SARS- CoV-2 содержит последовательность ВИЧ и, таким образом, вероятно, был получен в лаборатории. В статье, опровергающей вирусолога ВИЧ-1 доктора Фенга Гао, они использовали тщательный анализ биоинформатики, чтобы продемонстрировать, что первоначальное утверждение о множественных вставках ВИЧ в SARS-CoV-2 не является специфичным для ВИЧ-1, а является случайным [
15 ]. Из-за многих проблем, поднятых международным сообществом, авторы, которые сделали первоначальное утверждение, уже отозвали этот доклад.
Эволюция происходит поэтапно и постепенно накапливает мутации, в то время как синтетические конструкции обычно используют известную основу и вносят логические или целевые изменения вместо случайно возникающих мутаций, которые присутствуют в естественно изолированных вирусах, таких как bat CoV RaTG13.