Коронавирус и другие пандемии.

Цитата: Yuri Rus от 12.08.2021 10:53:15Встречалась недавно таблица, какие штаммы коронавируса были распространены в Москве и в России в разные месяцы. Так вот, сменяли они друг друга очень быстро. То британский штамм был доминирующим, то еще какой, сейчас дельта. Вопрос: как штаммы могут вытеснять друг друга в популяции?
 
В одном организме, это понятно. Если штаммов несколько (в том числе новые мутации, возникшие, скажем, у иммунодефицитного больного раком или СПИДом) и вирусы способны проникать в клетку, уже зараженную другим штаммом, то те варианты, которые способны размножаться быстрее других, быстро станут доминировать.
 
Но ведь в популяции, предположительно, один больной заражен только одним штаммом? То есть мы должны иметь дело с несколькими независимыми эпидемиями - для каждого штамма своя? Иначе, получается, есть здоровые люди, неинфицированные, а вот больные инфицированы непременно целым букетом штаммов? Штаммы, кроме того, имеют разное географическое происхождение и проникли в Россию независимо друг от друга и в разное время. Да и сами сведения о распространении разных штаммов, полученные путем секвенирования вирусов, вроде бы подразумевают, что каждый больной заражен только одним штаммом.
 
Если мы имеем дело со многими независимыми эпидемиями, то вывод отсюда совсем нетривиаьный. А именно - большинство из этих эпидемий кратковременны и давно закончились. В том числе, потому, что против этих штаммов выработался популяционный иммунитет. "Бушуют" только новые штаммы, для которых пока нет поп. иммунитета. И еще какое-то время будут бушевать. Год-два, максимум - в России и в развитых странах. Но будут еще несколько лет волнами накатываться на малоразвитые страны, которые пока избежали пандемии из-за ограниченных контактов с миром, или из-за карантинных мер, как в Китае.
 
Популяционный иммунитет (у переболевших или вакцинированных) все же работает против новых штаммов, хотя менее эффективно. Но со временем (через год-два) любые новые штаммы будут иметь R0 значительно меньше 1 и эпидемий больше не будет. Возможно, при условии, если вакцинируется или переболеет 80-90% населения, включая детей.

Пока на "слуху", что новыми штаммами заболевают больше вакцинированные, чем переболевшие. 
Если это так - то все начнет заканчиваться когда все (80-90%) переболеют.
По развитию штаммов видно, что как вирус уходит от прививок. Первые штаммы - 1 значимая мутация (для прививок), и сразу уровень нейтрализующих антител понижается на 1/3. Дельта - уже две значимых мутации, уровень нейтрализующих антител уже понижается на 2/3 от тех что дает прививка. 
Сейчас наиболее опасны мутации от дельты. Там один шаг - и все, привитые практически не будут защищены.
Как мы все понимаем, новую вакцину разрешат к применению (в лучшем случае), когда волна заражения новым штаммом спадет и тогда все по новой.
Если, действительно, повторных заражений нет массово - то получается, что наиболее эффективный способ защититься примерно "как с ветрянкой": поставить вакцину, дождаться антител и пойти заражаться штаммам, против которого вакцина срабатывает "на грани" (т.е. симптомы есть, но больнички можно избежать).
Но пока такая мысль "крамольная", так можно долечиться и до реанимации.

NEW COVID LAMBDA VARIANT DETECTED IN 44 STATES
Штамм Лямбда обнаружен уже в 44 штатах США

В среду на материковой части Китая был зарегистрирован 61 новый случай заболевания COVID19: 38 в провинции Цзянсу, 10 в Хубэй, семь в Хунань и по три в Хэньань и Юньнань, сообщила Национальная комиссия по здравоохранению в своем ежедневном отчете в четверг.

Цитата: viam dev от 12.08.2021 11:32:05Пока на "слуху", что новыми штаммами заболевают больше вакцинированные, чем переболевшие. 
Если это так - то все начнет заканчиваться когда все (80-90%) переболеют.
По развитию штаммов видно, что как вирус уходит от прививок. Первые штаммы - 1 значимая мутация (для прививок), и сразу уровень нейтрализующих антител понижается на 1/3. Дельта - уже две значимых мутации, уровень нейтрализующих антител уже понижается на 2/3 от тех что дает прививка. 
Сейчас наиболее опасны мутации от дельты. Там один шаг - и все, привитые практически не будут защищены.
Как мы все понимаем, новую вакцину разрешат к применению (в лучшем случае), когда волна заражения новым штаммом спадет и тогда все по новой.
Если, действительно, повторных заражений нет массово - то получается, что наиболее эффективный способ защититься примерно "как с ветрянкой": поставить вакцину, дождаться антител и пойти заражаться штаммам, против которого вакцина срабатывает "на грани" (т.е. симптомы есть, но больнички можно избежать).
Но пока такая мысль "крамольная", так можно долечиться и до реанимации.

Не совсем так, что заболевают больше вакцинированных, чем переболевших.
Играет роль количество АТ (сколько времени прошло от болезни / прививки), состояние иммунитета и организма в целом и вирусная нагрузка.
По Дельте - там целое семейство и сейчас доминирует Delta d, почему этот подштамм - непонятно.
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.05.21261642v1

Цитата: viam dev от 12.08.2021 11:32:05Пока на "слуху", что новыми штаммами заболевают больше вакцинированные, чем переболевшие. 
Если это так - то все начнет заканчиваться когда все (80-90%) переболеют.
По развитию штаммов видно, что как вирус уходит от прививок. Первые штаммы - 1 значимая мутация (для прививок), и сразу уровень нейтрализующих антител понижается на 1/3. Дельта - уже две значимых мутации, уровень нейтрализующих антител уже понижается на 2/3 от тех что дает прививка. 
Сейчас наиболее опасны мутации от дельты. Там один шаг - и все, привитые практически не будут защищены.
Как мы все понимаем, новую вакцину разрешат к применению (в лучшем случае), когда волна заражения новым штаммом спадет и тогда все по новой.
Если, действительно, повторных заражений нет массово - то получается, что наиболее эффективный способ защититься примерно "как с ветрянкой": поставить вакцину, дождаться антител и пойти заражаться штаммам, против которого вакцина срабатывает "на грани" (т.е. симптомы есть, но больнички можно избежать).
Но пока такая мысль "крамольная", так можно долечиться и до реанимации.

 
Я писал не про эффективность вакцин. А про то, что мы имеем дело со многими разными эпидемиями. И про то, что каждая из этих эпидемий кратковременна и большинство из них давно закончились.
 
Такого вывода из факта последовательной смены одних штаммов другими в популяции я нигде не встречал. А если я прав, тогда стратегия борьбы с коронавирусными эпидемиями (мн. число) должна быть другой.

Цитата: Yuri Rus от 12.08.2021 11:47:06Я писал не про эффективность вакцин. А про то, что мы имеем дело со многими разными эпидемиями. И про то, что каждая из этих эпидемий кратковременна и большинство из них давно закончились.
 
Такого вывода из факта последовательной смены одних штаммов другими в популяции я нигде не встречал. А если я прав, тогда стратегия борьбы с коронавирусными эпидемиями (мн. число) должна быть другой.

Я Вас так и понял. 
Но возвращаюсь к повторным заболевшим (я не знаю насколько их много, не видел статистики).
Если повторно заболевших не много, но у нас ОДНА эпидемия (по крайней мере пока) - она будет продолжаться пока все не переболеют. То что штамм поменялся - мало на что влияет.
Если повторно переболевших много, то такая чехарда будет продолжать очень долго.
Если повторных тяжелых много - все плохо.
Если повторных тяжелых значительно меньше - новая сезонная инфекция.

В Neurology: Neuroimmunology & Neuroinflammation описан случайлимфоцитарного васкулита ЦНС после COVID-19 у молодой пациентки. 

https://pcr.news/korotko/opisa…-covid-19/

https://www.nature.com/article…1-95565-8я

Цитата: Юзеф от 11.08.2021 23:46:26А у нас действительно пандемия ковида? Не по постановлению Роспотребнадзора, а по факту. Какой там процент одновременно болеющих?

В России впервые число умерших от коронавируса за сутки превысило 800


В России за прошедшие сутки умерли 808 заболевших коронавирусом, что стало новым максимумом с начала пандемии. Это на 1,13% больше, чем днем ранее (799). Общее число умерших достигло 168 049, сообщил федеральный оперативный штаб по борьбе с COVID-19.

https://news.mail.ru…exp_id=828

Цитата: Doctor_D от 12.08.2021 11:47:52Это работает малость не так. В отдельную волну, в основном, циркулирует один штамм (наиболее заразный). Потом достигается популяционный иммунитет, где то от 60% и заболеваемость снижается. Дополнительно, уменьшать заболеваемость могут ограничительные меры (уменьшение числа контактов между людьми, использование масок и т.д.). В итоге, заболеваемость стабилизируется на низком уровне. Я это называю нижним плато. Величина нижнего плато, видимо, зависит от величины популяционного иммунитета- вакцинацией удалось добиться очень низких цифр, в Израиле, например. Но, дальше происходит следующее: иммунитет обеспечивает защиту, в среднем, месяцев на 5-7, поэтому, через некоторое время заболеваемость вновь начинает расти. Если приходит новый штамм, менее чувствительный к иммунитету и более заразный- расстояние между волнами сокращается. Если новый штамм приходит на спаде волны, т.е. при максимальном популяционном иммунитете, он может и не распространиться толком. У нас так было с британским. Он более заразный, но не умеет уклоняться от иммунитета, поэтому, он не распространился у нас. А вот с дельтой так не получилось.
Новые штаммы образуются постоянно и везде, а естественный отбор делает свое дело. Поэтому, лично я не вижу, как этот цикл может остановиться сам собой в ближайшие годы. Вероятно, будем иметь 2-3 волны в год с разбросом в 3-7 месяцев, в зависимости от того, какой будет штамм по свойствам.
Тут главное не прочитать однажды утром про новый штамм Омега с R0 = 18 и летальностью 70%. С примечанием "это не опечатка". Ну, будем надеяться.

 
Нет. В отдельную волну, циркулирует не один штамм (наиболее заразный), а много. К сожалению, не могу найти ту таблицу с последовательной сменой штаммов на протяжении одной и той же т.н. второй волны - каждый буквально месяц, резко менялось соотношение разных штаммов. Я считаю, это важно - показывает, что новые штаммы способны размножиться очень быстро, а "старые" (появившиеся 1-2 месяца назад) штаммы почти сходят со сцены. То есть каждая волна для каждого штамма очень узкая, кратковременная, но они перекрываются, создавая впечатление "длинной волны". Т.н. первая (весна-лето 2020), вторая (осень 2020 - зима-весна 2021) и третья (лето 2021) волны - это сумма множества таких индивидуальных и очень кратковременных волн.
 
Принципиальная разница - мы имеем дело с одной эпидемией или с множеством разных, крайне быстро распространяющихся по популяции.

Цитата: Yuri Rus от 12.08.2021 12:16:02Нет. В отдельную волну, циркулирует не один штамм (наиболее заразный), а много. К сожалению, не могу найти ту таблицу с последовательной сменой штаммов на протяжении одной и той же т.н. второй волны - каждый буквально месяц, резко менялось соотношение разных штаммов. Я считаю, это важно - показывает, что новые штаммы способны размножиться очень быстро, а "старые" (появившиеся 1-2 месяца назад) штаммы почти сходят со сцены. То есть каждая волна для каждого штамма очень узкая, кратковременная, но они перекрываются, создавая впечатление "длинной волны". Т.н. первая (весна-лето 2020), вторая (осень 2020 - зима-весна 2021) и третья (лето 2021) волны - это сумма множества таких индивидуальных и очень кратковременных волн.
 
Принципиальная разница - мы имеем дело с одной эпидемией или с множеством разных, крайне быстро распространяющихся по популяции.

 
Если штаммы (распространяющиеся в популяции, подчеркиваю, независимо друг от друга, то есть не конкурирующие между собой, не мешающие друг другу) так быстро сменяют друг друга в популяции, это значит, что в момент возникновения нового штамма R0 у него очень высока. Значительно больше 10, скорее всего. Это т.н. суперраспространители. Потом, всего через несколько недель, R0 у этого штамма резко падает - меньше 1, потому его доля среди инфицированных снижается и вскоре штамм почти исчезает из популяции.
 
Но считают R0 не для каждого нового или старого штамма, а в среднем "по больнице". В среднем для всех штаммов, R0 получается не таким страшным, от 1 до 2 или от 2 до 3.
 
В реальности же, если каждый раз мы имеем дело с новым бурно распространяющимся штаммом, R0 у него может быть и 20, и 50. Но только на первых итерациях, потом снижается.
 
Еще раз - если это так, стратегия борьбы с эпидемией должна быть другой.
 
P.S. Табличку со сменой штаммов наверняка видел не я один, она была либо здесь, либо на АфтерШоке. Кто-нибудь может дать ссылку?

За последние сутки в России выявлено 21 932 новых случая коронавируса в 85 регионах. Из них 8,1% не имели клинических проявлений болезни.
 

 

 
Зафиксировано 808 летальных исходов. За сутки в России полностью выздоровели 20 195 человек.
 

Цитата: Doctor_D от 12.08.2021 12:48:12С R0 18? Боюсь, что не успеем. До огнеметов дойдет тогда, когда реально трупы будут на улицах валяться, и то не сразу. А там уже поздно будет. Думаю, даже реальных 10% хватит, чтобы разрушить цивилизацию. Хотя, еще года полтора назад я был о ней лучшего мнения.
К счастью, все же, вероятность появления "вируса Судного Дня" очень низкая. ИМХО.

Чтобы за три года погиб миллион, требуется ежедневная смертность 900 с копейками человек. Несколько лет такой эпидемии и застройщикам поплохеет, потому что предложение на рынке вторичной недвижимости вырастет, а спрос упадет. А за ними последуют прочие задействованные в процессе.

Михаил Мишустин подписал распоряжение о выделении 46,3 млрд рублей на осуществление дальнейших специальных социальных выплат медицинским работникам, помогающим больным с коронавирусом.

В Москве количество пациентов с коронавирусом на ИВЛ за месяц снизилось более чем вдвое.

Регулятор ЕС запросил у Pfizer и Moderna данные по новым побочным реакциям на их вакцины - речь может идти о кожной аллергии, воспалении почек (гломерулонефрите) и нефротическом синдроме

Цитата: Doctor_D от 12.08.2021 12:44:16Я не говорил, что один. Преимущественно один, как правило. Со временем, соотношение меняется- более заразные распространяются быстрее. Но это абсолютно ничего не меняет. Вообще, обобщенно говоря, РНК вирусы мутируют при каждой репликации, поэтому, если придираться, то штаммов в волне огромное количество.
Появление волны и ее параметры, в основном, зависят от популяционного иммунитета. В его нестойкость все и упирается.

  
В том-то и дело, что Вы не понимаете, что я пишу. Не обижайтесь - дело в образовании и способе мышления врачей. Я с подобным много раз сталкивался. Я молекулярный биолог, но по первоначальному образованию физик, так что математику хорошо знаю. И знаю, что врачи и биологи математику не знают и не чувствуют. Не понимают, в частности, что такое экспонента, какое влияние различия в показателе экспоненты оказывают на селекцию, допустим, разных молекул ДНК в ходе ПЦР реакции (будь это вообще разные молекулы ДНК или исходно одинаковые, но приобретшие точечные мутации, которые затрагивают скорость репликации) или селекцию разных субколоний E. coli с делециями в одной и той же плазмиде (благодаря чему клетки стали быстрее делиться) при наращивании клеток в большом объеме жидкой среды.
 
Так вот - Вы не понимаете, что нет одного доминирующего штамма в одной волне. Есть много почти одновременных (с небольшим временным сдвигом) коротеньких и высоких волн, которые принято суммировать. И то, что каждый новый штамм сменяет предыдущие доминанты так быстро (через месяц), говорит о том, что в самом начале, сразу после своего возникновения, новый штамм имеет очень высокий R0 (показатель экспоненты). От 10 до 20, вероятно. Иначе он не смог бы так быстро распространиться, чтобы за считанные недели от единиц заболевших в день дойти до десятков тысяч в день. Учитывая, что одна итерация занимает несколько дней (4-7?), для этого потребовалось бы всего несколько итераций, что и дает R0 не менее 10.
 
При этом, предыдущие штаммы быстро сходят со сцены. За считанные недели, почти исчезают из популяции. Но их размножение независимо от новых штаммов!  Они не конкурируют за ограниченные ресурсы (людей), они заражают сами по себе, всех, кого смогут. Возможны лишь два объяснения: они быстро теряют контагиозность либо против каждого штамма быстро (за считанные недели) формируется популяционный иммунитет. Я ставлю на второй вариант.

Вчера, пока стремительный Сапсан нес меня из командировки домой, подумалось: "а что-то давно не попадалось инфы по путям передачи вируса".
И вот, сегодня, как по заказу:
https://chuka-lis.li…75169.html

ЦитатаИсследования  коронавируса САРС2 на хомячках показало- что вирус и выделяется аэрозольно ( в своем большинстве содежится в капельках размерами до 8 мкм), и заражает - тоже.
Хомячки  выделяют аэрозольно до 25 инфекционных единиц вируса в час, уже спустя сутки- двое после заражения. Если считать по РНК- то ее в это же время в образцах воздуха было в 200 раз больше.
Образы собирались и только из дыхания (специальным приспособлением, конус  с отводкой, надетый на нос) и вообще со всего воздуха в камере, где содержались хомячки- чтоб был весь циркулирующий в воздухе воздушно-капельный (и  из дыхания, чихания, слюны, с  шерсти, ресуспендированный  из-за движеняи воздуха с поверхностей итп, специальным аппаратом, который мог разделять частицы по размеру). Инфекционные частицы считали посадкой на культуры, а  количество вируса- ПЦРом воздушных образцов.
Преобладающее количество частичек, выделяющихся хомячками, что из носа, что изо рта- маленькие (99.9% меньше 10 мкм).
То, что хомячки заражались и болели, авторы подтвердили мазками (на второй день после инфицирования хомячки выделяли на 3 порядка больше инфекционного вируса, чем получили, причем самцы  в сотни раз больше, чем самки). Через 5 дней животные уже не выделяли вирус на уровне определения.
С точки зрения авторов, их опыт подтверждает, что вирус передается воздушно-капельным путем, и в частности, "воздушным", и  до симптомов.

Ссылка на само исследование: https://www.biorxiv.…1.full.pdf
Что это значит практически?
- Вирус выделяется в достаточных количествах с аэрозолем при обычном дыхании. Кашель и прочие симптомы не нужны.
- Мелкий аэрозоль может долго висеть в воздухе, поэтому, реально заразиться просто находясь в комнате, в которой какое то время был инфицированный. Это нужно учитывать при использовании респиратора: даже если в помещении сейчас никого- не факт, что там чисто.
- Нужно проветривать помещение, например- на работе.
И еще: https://chuka-lis.li…75297.html

Цитатаhttps://chuka-lis.livejournal.com/575297.html
Исследователи из Индии полагают, что шансы заразиться ковидом в больнице с поверхностей- есть. Не смотря на то, что меры соблюдаются и все чистится, вентилируется и убирается.

Около 6% мазков с поверхностей были положительными на коронавирус, причем порой даже в неожиданных местах (вроде экрана монитора или фартука для рентгена).  С поверхностей вирус может передаться контактно, или если будет реаэросолизация.
https://www.medrxiv.…1.full.pdf

В общем- не пренебрегаем гигиеной рук.

В рамках проекта "Здоровое село" в районе запущена акция-поощрение "Вакцинируйся – получи сено!" среди жителей, имеющих личное подсобное хозяйство. Условия акции: вакцинироваться первым компонентом вакцины в период с 11 августа по 21 августа.

Три победителя, которые получат по три рулона сена, будут определены с помощью жеребьевки, согласно списку, предоставленному районной больницей: В Башкирии между вакцинировавшимися разыграют сено.  


Укололся - и можно на покос не идти.

Цитата: Doctor_D от 12.08.2021 14:26:59Популяционный иммунитет формируется при контакте организма с вирусом. В смысле- когда контактировавших организмов становится достаточное количество. Сколько недель для этого требуется- легко посчитать по параметрам волны. Можно говорить, что несколько.
R0- зависит от исходных свойств вируса и это довольно постоянное число. Rt (эффективное число репродукции) - зависит еще и от внешних факторов.
По тому, какие штаммы где и в каких количествах циркулируют, можете взглянуть здесь: https://www.gisaid.org/hcov19-variants/
Хотя, в целом- все просто. Более заразные варианты постепенно вытесняют менее заразные. Иммунитет ко всем штаммам перекрестный. Переболевший (так или иначе) более заразным, на какое то время, становится невосприимчивым, если только новый штамм будет уж сильно другой, разве что.
В целом- ничего нового. При гриппе примерно так же, просто иммунитет к гриппу более стойкий.

 
Я поискал и нашел один сайт, где есть картинки, подобные той, которую я упоминал выше. Но здесь по странам целиком, не по городам (как по Москве или Питеру). Разница в том, что в большой стране один и тот же штамм будет распространяться медленно (месяцы, а не недели), а в одном городе смена штаммов будет намного быстрее и нагляднее. Поэтому чтобы увидеть быструю смену штаммов, смотреть надо на небольшие, компактные страны. Там ярко видно, насколько быстро распространяются новые штаммы.
 
Насчет R0 или Rt - возможно, я неправильно использовал термин (я все же не эпидемиолог). Видимо, Rt подходит больше - я имел в виду не постоянную характеристику вируса, а сколько людей в среднем заражает один больной в данный момент времени.
 
И более заразные варианты не могут постепенно вытеснять менее заразные. Потому что они не конкурируют между собой, а размножаются параллельно (до появления стадного иммунитета). Если некий вариант исчез, это произошло независимо от появления нового варианта. Их волны просто накладываются.
 
Другими словами - вытеснение старых штаммов, конкуренция между штаммами за счет перекрестного иммунитета возможны только после появления стадного иммунитета, когда большинство населения (процентов 90-95) уже переболели. Это точно произошло? Причем несколько раз, для каждого штамма? Если так, то стратегия борьбы с эпидемией должна это учитывать. И сразу вопрос: зачем тогда вакцинация, если все уже переболели?