Как мне известно, обычно стараются в грозу не запускать КА в космос, но случаи попаданиия молнии в РН бывали. Сегодня Глава Роскосмоса Дмитрий Рогозин поздравил специалистов с успешным запуском РН "Союз-2.1б", стартовавшей в понедельник с космодрома Плесецк со спутником "Глонасс- М". Ранее начальник космодрома Плесецк генерал-майор Николай Нестечук сообщил, что в ракету-носитель при старте ударила молния. Отмечается, что вся техника отработала штатно, спутник вышел на орбиту в расчетное время. "Погода нам не является помехой, мы всепогодные войска, - сказал начальник космодрома. - Это еще раз доказательство того, что молния не может повредить наше ракетно-космическое оружие".
Это не первый случай в космонавтике: корабль «Аполлон-12» стартовал 14 ноября 1969 года в 16 часов 22 минуты GMT на 670 мкс позже расчётного времени. На первой минуте полёта возникла аварийная ситуация вследствие двух атмосферных электрических разрядов (на 37-й и 53-й секундах полёта). Разряды вызвали аварийное отключение топливных элементов корабля и вывели из строя некоторые датчики корабля. Второй разряд привёл к тому, что гироскопы системы наведения и навигации корабля встали на упоры. Гироплатформа системы наведения и навигации была вновь настроена позже по наблюдениям звёзд. На работе системы наведения ракеты-носителя электрические разряды не отразились, корабль был выведен на геоцентрическую орбиту, близкую к расчётной. 26 мая 1987 года был произведен запуск носителя Atlas/Centaur AC-67 со спутником ВМФ FLTSATCOM 6. Вскоре после старта Atlas исчез в облаках, а через 38 сек после старта в ракету ударила молния и через 50 сек после старта она разрушилась от перегрузок. Подробнее можно прочитать здесь
В мае 2015 года журнал Nature опубликовал статью о том, что ученые из университета Флориды в рамках эксперимента запустили ракету во время грозы. Ионизация воздуха в инверсионном следе ракеты позволила спровоцировать удар молнии и записать возникшие акустические волны, ставшие объектом исследования.