Не вдаваясь в подробности, доложу, что у них и Императорский род с момента возникновения Японии ни разу не пресекался. Вот как Ямато Такэру снес в 4-ом веке Идзуми и Киби, - с тех самых пор и - не пресекается. А то, что в эпоху Сога ими рулила Императрица Суйко - это по-видимому - мираж. Другие правда верят, что история страны началась с Императора Дзимму, или может быть Камму, который перенес столицу в Хэйан (современный Киото) в 794 году. С тех самых пор и пошли у них самурайские терки и разрешения вопросов - чья катана длинней, а вакизаши острее
. Благо именно в это время у них появилась азбука - кана. Это - шутка. На деле причина не в этом.
В принципе, - самурайское сословие начало у них формироваться с момента битвы при Данноура (разрушение дома Тайра) в 1185 (впрочем уже в "Разрушении дома Тайра были первые прото-самураи во весь рост) и закончилось к концу периода Камакура в 14 веке (сразу год не вспомню, а в википедию лезть неохота)). В общем, там как раз кончилось тем, что Император Годайго вошел в жесткий клинч с сегунами Асикага и на все это наложились религиозные терки. Император был за Буддистов, Сегунат, а вслед за ним и все самураи принялись исповедовать - дзен. В стране было тогда два правительства - одно имперское, второе сегунское, - за первое были чернь и монахи, за второе - самураи. Ну и - в итоге - Императора навсегда засунули под замок, буддистов загнали под лавку и это стало религией самой черни с отверженными и - культа мертвых (причем к Будде ходят если кто помер - нехорошею смертью, а изображения Будды для японцев, - скорее смахивают на перевернутые кресты Нечистого в христианстве, отсюда - те кто там молится в Буддистских храмах молится как бы за Врага Рода ихнего, - все это сформировалось именно в ходе борьбы самураев против их Императора).
По итогам кровавой резни, - за всеми кто поддержал сегуна (а это были люди только служивые и по определению - не религиозные, ибо в известные годы, тот кто хотел подтвердить свое положение самурая должен был пнуть ногой и плюнуть на изображение Будды (а согласно апокрифам - так и вообще - помочиться в буддистском храме, - то есть самураи с этого момента следуют только дзен и дао, так как всякие контакты с Буддой ими - по их собственной Воле - обрезаны). Кроме того, - из-за того, что самураи пошли войной против своего Императора, - с этого времени они отказывались от Божественного попечения. "Ибо только животные - вроде мерзких обезьян следуют своему инстинкту, не зная Дзен и не видя Пути, которое отличает детей Аматерасу от скота говорящего". "Самурай следует Бусидо, Приказу и своему Пути, но не - Божьей Милости."
Вот за теми, кто пошел на все это - было закреплено самурайское сословие, а тем, кто был за монахов и Императора - запретили ношение всякого оружия на законодательном уровне. Потому-то самурайское сословие в Японии было столь обширно. До трети населения в стране - самураи и в этом смысле Япония любопытный пример того, как может существовать страна, где до трети населения - класс господствующий. Так как господ до хрена и всем им надо кушать (и угнетать - хоть кого-нибудь) - эпоха Асикага превратилась в бесконечный кровавый кошмар, когда все это самурайское сословие постоянно минусовало себя всеми разумными и - безумными способами. В итоге в Японии во весь рост прошел самый что ни на есть Дарвиновский отбор в самурайском сословии, когда до конца следующей - самой кровавой в жизни страны - эпохе "воюющих государств" - "Сэнгоку Дзидай" дожили только лишь самые жилистые и к выживанию приспособленные. И то их было - мягко говоря - до хрена. Поболе, чем в любой другой стране - того времени. Так что по вопросу - с кем им там скрещиваться - запарить их невозможно. Когда у тебя знать составляет на момент битвы при Секигахара - чуть меньше четверти населения всей страны, - вопрос о том, как скреститься не с чернью - сильно надуманный. Он до сих пор сильно надуманный, - потому что начальный пул генов нынешних самураев в десятки раз был поболе, чем у любой другой аристократии нашего шарика. Они еще тысячу лет могут исключительно меж себя скрещиваться не выказывая маркеров инбриндинга. Начальный пул - позволяет.