Понемножку обо всем
238,435
4,060
|
Хранитель Храма ( Слушатель ) |
| 27 ноя 2021 13:53:34 |
Что мы знаем об Omicron
новая дискуссия Статья 908
Что мы знаем об Omicron
Новый южноафриканский вариант Covid-19 имеет совершенно другой генетический профиль, чем предыдущие штаммы, и может быть невосприимчив к современным вакцинам.
THE CONVERSATION
27 НОЯБРЯ 2021 Г.
Вариант Omicron начинает распространяться по всему миру. Изображение: Getty
С самого начала пандемии COVID Сеть по надзору за геномикой в Южной Африке отслеживает изменения в SARS-CoV-2. Это был ценный инструмент, позволяющий лучше понять, как распространяется вирус. В конце 2020 года сеть обнаружила новую вирусную ветвь 501Y.V2 , которая позже стала известна как бета-вариант . Теперь идентифицирован новый вариант SARS-CoV-2, известный как B.1.1.529 . Чтобы помочь нам понять больше, Озайр Патель из The Conversation Africa попросил ученых поделиться тем, что они знают.
Какая наука стоит за поиском?
Поиск вариантов требует согласованных усилий. Южная Африка и Великобритания были первыми крупными странами, которые внедрили общенациональные усилия по геномному надзору за SARS-CoV-2 еще в апреле 2020 года.
Охота за вариантами, как бы увлекательно это ни звучало, осуществляется путем секвенирования всего генома образцов, которые дали положительный результат на вирус. Этот процесс включает проверку каждой полученной последовательности на предмет отличий от того, что, как мы знаем, циркулирует в Южной Африке и во всем мире. Когда мы видим несколько различий, это сразу же вызывает тревогу, и мы продолжаем исследование, чтобы подтвердить то, что мы заметили.
К счастью, Южная Африка хорошо подготовлена для этого. Это стало возможным благодаря центральному хранилищу лабораторных результатов государственного сектора в Национальной лабораторной службе здравоохранения (NGS-SA), хорошей связи с частными лабораториями, Провинциальным центром медицинских данных провинции Западный Кейп и современным оборудованием, а также накопленным опытом моделирования .
Кроме того, в Южной Африке есть несколько лабораторий, которые могут выращивать и изучать настоящий вирус и определять, насколько антитела, сформированные в ответ на вакцинацию или предыдущую инфекцию, способны нейтрализовать новый вирус. Эти данные позволят нам охарактеризовать новый вирус.
3d варианты вируса Covid-19 (Sars-COV-2). Альфа, бета, гамма, дельта на белом фоне. Shutterstock
Бета-вариант распространился между людьми гораздо эффективнее, чем SARS-CoV-2 «дикого типа» или «наследственный», и вызвал вторую волну пандемии в Южной Африке. Таким образом, это было классифицировано как вариант, вызывающий озабоченность. В 2021 году еще один вариант беспокойства, называемый дельтой, распространился на большую часть мира, включая Южную Африку, где он вызвал третью волну пандемии.
Совсем недавно в ходе рутинного секвенирования лабораторий-участниц Сети надзора за геномикой была обнаружена новая линия вируса, названная B.1.1.529 , в Южной Африке. В семидесяти семи образцах, собранных в середине ноября 2021 года в провинции Гаутенг, был обнаружен этот вирус.
О нем также сообщалось в небольшом количестве из соседних Ботсваны и Гонконга. Сообщается, что случай в Гонконге - путешественник из Южной Африки .
Будет ли B.1.1.529 классифицирован как вариант, представляющий интерес или вызывающий озабоченность, как бета и дельта, Всемирная организация здравоохранения еще не решила.
Точно не знаем. Это определенно кажется чем-то большим, чем просто результатом согласованных усилий по мониторингу циркулирующего вируса. Одна из теорий состоит в том, что люди с сильно ослабленной иммунной системой, которые испытывают длительную активную инфекцию, потому что не могут избавиться от вируса, могут быть источником новых вирусных вариантов.
Предполагается, что некоторая степень «иммунного давления» (что означает иммунный ответ, который недостаточно силен для уничтожения вируса, но оказывает некоторую степень селективного давления, которое «заставляет» вирус развиваться) создает условия для появления новых вариантов.
Несмотря на продвинутую программу антиретровирусного лечения для людей, живущих с ВИЧ, многие люди в Южной Африке имеют запущенное заболевание ВИЧ и не получают эффективного лечения. Было исследовано несколько клинических случаев, подтверждающих эту гипотезу, но многое еще предстоит узнать.
Почему этот вариант беспокоит?
Короткий ответ: мы не знаем. Длинный ответ: B.1.1.529 содержит определенные мутации, которые вызывают беспокойство. Раньше они не наблюдались в этой комбинации, а один только спайковый белок имеет более 30 мутаций. Это важно, потому что протеин-шип - это то, что составляет большую часть вакцин.
Мы также можем сказать, что B.1.1.529 имеет генетический профиль, сильно отличающийся от других циркулирующих вариантов, представляющих интерес и озабоченность. Это не похоже на «дочь дельты» или «внука беты», а скорее представляет новую линию SARS-CoV-2.
Некоторые из его генетических изменений известны по другим вариантам, и мы знаем, что они могут повлиять на передачу или позволить иммунное уклонение, но многие из них являются новыми и еще не изучены. Хотя мы можем делать некоторые прогнозы, мы все еще изучаем, насколько мутации повлияют на его поведение.
Мы хотим знать о трансмиссивности, серьезности заболевания и способности вируса «избегать» иммунного ответа у вакцинированных или выздоровевших людей. Мы изучаем это двумя способами.
Во-первых, тщательные эпидемиологические исследования стремятся выяснить, показывает ли новая линия изменения в трансмиссивности, способности инфицировать вакцинированных или ранее инфицированных людей и так далее.
В то же время лабораторные исследования исследуют свойства вируса. Его характеристики роста вируса сравниваются с характеристиками других вариантов вируса, и определяется, насколько хорошо вирус может быть нейтрализован антителами, обнаруженными в крови вакцинированных или выздоровевших людей.
В конце концов, полное значение генетических изменений, наблюдаемых в B.1.1.529, станет очевидным, когда будут рассмотрены результаты всех этих различных типов исследований. Это сложное, ответственное и дорогостоящее мероприятие, которое будет продолжаться месяцами, но оно необходимо для лучшего понимания вируса и разработки лучших стратегий борьбы с ним.
Указывают ли первые признаки на то, что этот вариант вызывает другие симптомы или более серьезное заболевание?
Пока нет доказательств каких-либо клинических различий. Что известно, так это то, что количество случаев инфекции B.1.1.529 быстро увеличилось в Гаутенге, где, по всей видимости, начинается четвертая волна пандемии в стране .
Это предполагает легкую передачу, хотя и на фоне значительно упрощенных немедикаментозных вмешательств и небольшого числа случаев. Таким образом, мы пока не можем точно сказать, передается ли B.1.1.529 более эффективно, чем преобладающий ранее вариант, вызывающий озабоченность, дельта.
Covid-19 чаще проявляется как тяжелое, часто опасное для жизни заболевание у пожилых и хронических больных. Но группы населения, наиболее подверженные первому воздействию нового вируса, - это молодые, мобильные и, как правило, здоровые люди. Если B.1.1.529 будет распространяться дальше, потребуется некоторое время, прежде чем можно будет оценить его последствия с точки зрения серьезности заболевания.
К счастью, похоже, что все диагностические тесты, которые были проверены до сих пор, могут идентифицировать новый вирус.
Более того, похоже, что некоторые широко используемые коммерческие анализы показывают определенную закономерность: две из трех последовательностей целевого генома являются положительными, а третья - нет. Это похоже на то, что новый вариант постоянно ставит галочки в двух из трех квадратов в существующем тесте.
Это может служить маркером для B.1.1.529, что означает, что мы можем быстро оценить долю положительных случаев из-за инфекции B.1.1.529 в день и в каждой области. Это очень полезно для отслеживания распространения вируса практически в реальном времени.
Могут ли существующие вакцины защитить от нового варианта?
Опять же, мы не знаем. Известные случаи включают людей, которые были вакцинированы. Однако мы узнали, что иммунная защита, обеспечиваемая вакцинацией, со временем ослабевает и защищает не столько от инфекции, сколько от тяжелых болезней и смерти. Один из начатых эпидемиологических анализов направлен на определение количества вакцинированных людей, инфицированных B.1.1.529.
Возможность того, что B.1.1.529 может избежать иммунного ответа, сбивает с толку. Обнадеживающее ожидание состоит в том, что высокий уровень распространенности серотипа у людей, которые уже были инфицированы, обнаруженный в результате нескольких исследований , обеспечит определенную степень «естественного иммунитета», по крайней мере, на определенный период времени.
В конечном счете, все, что известно о B.1.1.529 до сих пор, подчеркивает, что всеобщая вакцинация по-прежнему является нашим лучшим выбором против тяжелого Covid-19 и, вместе с нефармацевтическими вмешательствами , будет иметь большое значение для помощи системе здравоохранения в борьбе с грядущей волной.
Проф. Вольфганг Прайзер , руководитель отделения медицинской вирусологии Стелленбошского университета ; Катрин Шиперс , старший научный сотрудник Университета Витватерсранда ; Джинал Бхиман , главный научный сотрудник Национального института инфекционных заболеваний (NICD), Национальный институт инфекционных болезней ; Мариетджие Вентер , руководитель программы по зоонозам , арбо- и респираторным вирусам , профессор кафедры медицинской вирусологии, Университет Претории , и Тулио де Оливейра , директор: KRISP - Платформа для секвенирования исследований и инноваций Квазулу-Наталь , Университет Квазулу-Натал
Новый южноафриканский вариант Covid-19 имеет совершенно другой генетический профиль, чем предыдущие штаммы, и может быть невосприимчив к современным вакцинам.
THE CONVERSATION
27 НОЯБРЯ 2021 Г.
Вариант Omicron начинает распространяться по всему миру. Изображение: Getty
С самого начала пандемии COVID Сеть по надзору за геномикой в Южной Африке отслеживает изменения в SARS-CoV-2. Это был ценный инструмент, позволяющий лучше понять, как распространяется вирус. В конце 2020 года сеть обнаружила новую вирусную ветвь 501Y.V2 , которая позже стала известна как бета-вариант . Теперь идентифицирован новый вариант SARS-CoV-2, известный как B.1.1.529 . Чтобы помочь нам понять больше, Озайр Патель из The Conversation Africa попросил ученых поделиться тем, что они знают.
Какая наука стоит за поиском?
Поиск вариантов требует согласованных усилий. Южная Африка и Великобритания были первыми крупными странами, которые внедрили общенациональные усилия по геномному надзору за SARS-CoV-2 еще в апреле 2020 года.
Охота за вариантами, как бы увлекательно это ни звучало, осуществляется путем секвенирования всего генома образцов, которые дали положительный результат на вирус. Этот процесс включает проверку каждой полученной последовательности на предмет отличий от того, что, как мы знаем, циркулирует в Южной Африке и во всем мире. Когда мы видим несколько различий, это сразу же вызывает тревогу, и мы продолжаем исследование, чтобы подтвердить то, что мы заметили.
К счастью, Южная Африка хорошо подготовлена для этого. Это стало возможным благодаря центральному хранилищу лабораторных результатов государственного сектора в Национальной лабораторной службе здравоохранения (NGS-SA), хорошей связи с частными лабораториями, Провинциальным центром медицинских данных провинции Западный Кейп и современным оборудованием, а также накопленным опытом моделирования .
Кроме того, в Южной Африке есть несколько лабораторий, которые могут выращивать и изучать настоящий вирус и определять, насколько антитела, сформированные в ответ на вакцинацию или предыдущую инфекцию, способны нейтрализовать новый вирус. Эти данные позволят нам охарактеризовать новый вирус.
3d варианты вируса Covid-19 (Sars-COV-2). Альфа, бета, гамма, дельта на белом фоне. Shutterstock
Бета-вариант распространился между людьми гораздо эффективнее, чем SARS-CoV-2 «дикого типа» или «наследственный», и вызвал вторую волну пандемии в Южной Африке. Таким образом, это было классифицировано как вариант, вызывающий озабоченность. В 2021 году еще один вариант беспокойства, называемый дельтой, распространился на большую часть мира, включая Южную Африку, где он вызвал третью волну пандемии.
Совсем недавно в ходе рутинного секвенирования лабораторий-участниц Сети надзора за геномикой была обнаружена новая линия вируса, названная B.1.1.529 , в Южной Африке. В семидесяти семи образцах, собранных в середине ноября 2021 года в провинции Гаутенг, был обнаружен этот вирус.
О нем также сообщалось в небольшом количестве из соседних Ботсваны и Гонконга. Сообщается, что случай в Гонконге - путешественник из Южной Африки .
Будет ли B.1.1.529 классифицирован как вариант, представляющий интерес или вызывающий озабоченность, как бета и дельта, Всемирная организация здравоохранения еще не решила.
Точно не знаем. Это определенно кажется чем-то большим, чем просто результатом согласованных усилий по мониторингу циркулирующего вируса. Одна из теорий состоит в том, что люди с сильно ослабленной иммунной системой, которые испытывают длительную активную инфекцию, потому что не могут избавиться от вируса, могут быть источником новых вирусных вариантов.
Предполагается, что некоторая степень «иммунного давления» (что означает иммунный ответ, который недостаточно силен для уничтожения вируса, но оказывает некоторую степень селективного давления, которое «заставляет» вирус развиваться) создает условия для появления новых вариантов.
Несмотря на продвинутую программу антиретровирусного лечения для людей, живущих с ВИЧ, многие люди в Южной Африке имеют запущенное заболевание ВИЧ и не получают эффективного лечения. Было исследовано несколько клинических случаев, подтверждающих эту гипотезу, но многое еще предстоит узнать.
Почему этот вариант беспокоит?
Короткий ответ: мы не знаем. Длинный ответ: B.1.1.529 содержит определенные мутации, которые вызывают беспокойство. Раньше они не наблюдались в этой комбинации, а один только спайковый белок имеет более 30 мутаций. Это важно, потому что протеин-шип - это то, что составляет большую часть вакцин.
Мы также можем сказать, что B.1.1.529 имеет генетический профиль, сильно отличающийся от других циркулирующих вариантов, представляющих интерес и озабоченность. Это не похоже на «дочь дельты» или «внука беты», а скорее представляет новую линию SARS-CoV-2.
Некоторые из его генетических изменений известны по другим вариантам, и мы знаем, что они могут повлиять на передачу или позволить иммунное уклонение, но многие из них являются новыми и еще не изучены. Хотя мы можем делать некоторые прогнозы, мы все еще изучаем, насколько мутации повлияют на его поведение.
Мы хотим знать о трансмиссивности, серьезности заболевания и способности вируса «избегать» иммунного ответа у вакцинированных или выздоровевших людей. Мы изучаем это двумя способами.
Во-первых, тщательные эпидемиологические исследования стремятся выяснить, показывает ли новая линия изменения в трансмиссивности, способности инфицировать вакцинированных или ранее инфицированных людей и так далее.
В то же время лабораторные исследования исследуют свойства вируса. Его характеристики роста вируса сравниваются с характеристиками других вариантов вируса, и определяется, насколько хорошо вирус может быть нейтрализован антителами, обнаруженными в крови вакцинированных или выздоровевших людей.
В конце концов, полное значение генетических изменений, наблюдаемых в B.1.1.529, станет очевидным, когда будут рассмотрены результаты всех этих различных типов исследований. Это сложное, ответственное и дорогостоящее мероприятие, которое будет продолжаться месяцами, но оно необходимо для лучшего понимания вируса и разработки лучших стратегий борьбы с ним.
Указывают ли первые признаки на то, что этот вариант вызывает другие симптомы или более серьезное заболевание?
Пока нет доказательств каких-либо клинических различий. Что известно, так это то, что количество случаев инфекции B.1.1.529 быстро увеличилось в Гаутенге, где, по всей видимости, начинается четвертая волна пандемии в стране .
Это предполагает легкую передачу, хотя и на фоне значительно упрощенных немедикаментозных вмешательств и небольшого числа случаев. Таким образом, мы пока не можем точно сказать, передается ли B.1.1.529 более эффективно, чем преобладающий ранее вариант, вызывающий озабоченность, дельта.
Covid-19 чаще проявляется как тяжелое, часто опасное для жизни заболевание у пожилых и хронических больных. Но группы населения, наиболее подверженные первому воздействию нового вируса, - это молодые, мобильные и, как правило, здоровые люди. Если B.1.1.529 будет распространяться дальше, потребуется некоторое время, прежде чем можно будет оценить его последствия с точки зрения серьезности заболевания.
К счастью, похоже, что все диагностические тесты, которые были проверены до сих пор, могут идентифицировать новый вирус.
Более того, похоже, что некоторые широко используемые коммерческие анализы показывают определенную закономерность: две из трех последовательностей целевого генома являются положительными, а третья - нет. Это похоже на то, что новый вариант постоянно ставит галочки в двух из трех квадратов в существующем тесте.
Это может служить маркером для B.1.1.529, что означает, что мы можем быстро оценить долю положительных случаев из-за инфекции B.1.1.529 в день и в каждой области. Это очень полезно для отслеживания распространения вируса практически в реальном времени.
Могут ли существующие вакцины защитить от нового варианта?
Опять же, мы не знаем. Известные случаи включают людей, которые были вакцинированы. Однако мы узнали, что иммунная защита, обеспечиваемая вакцинацией, со временем ослабевает и защищает не столько от инфекции, сколько от тяжелых болезней и смерти. Один из начатых эпидемиологических анализов направлен на определение количества вакцинированных людей, инфицированных B.1.1.529.
Возможность того, что B.1.1.529 может избежать иммунного ответа, сбивает с толку. Обнадеживающее ожидание состоит в том, что высокий уровень распространенности серотипа у людей, которые уже были инфицированы, обнаруженный в результате нескольких исследований , обеспечит определенную степень «естественного иммунитета», по крайней мере, на определенный период времени.
В конечном счете, все, что известно о B.1.1.529 до сих пор, подчеркивает, что всеобщая вакцинация по-прежнему является нашим лучшим выбором против тяжелого Covid-19 и, вместе с нефармацевтическими вмешательствами , будет иметь большое значение для помощи системе здравоохранения в борьбе с грядущей волной.
Проф. Вольфганг Прайзер , руководитель отделения медицинской вирусологии Стелленбошского университета ; Катрин Шиперс , старший научный сотрудник Университета Витватерсранда ; Джинал Бхиман , главный научный сотрудник Национального института инфекционных заболеваний (NICD), Национальный институт инфекционных болезней ; Мариетджие Вентер , руководитель программы по зоонозам , арбо- и респираторным вирусам , профессор кафедры медицинской вирусологии, Университет Претории , и Тулио де Оливейра , директор: KRISP - Платформа для секвенирования исследований и инноваций Квазулу-Наталь , Университет Квазулу-Натал
ОТВЕТЫ (0)
Комментарии не найдены!