Попробую сформулировать оптимальную альтернативу, сугубо и всецело рыночную, и не обладающую ни одним из недостатков, рассмотренных в этой теме.
Рассмотрим научный институт, ведущий фундаментальные исследования, как коммерческую корпорацию (представим, что у неё много денег). Основная задача Фундаментальной корпорации (миссия) - интенсивное проведение научных исследований в области её компетенции.
После того, как Фундаментальной корпорации удалось сделать открытие, оно не публикуется в реферируемых журналах и на конференциях - оно засекречивается. На данном этапе вступают в действия исследовательские коллективы - назовём их Адаптивными исследователями. Их задача - сформулировать как можно больше прикладных областей, в которых открытие может иметь существенное коммерческое применение. Их надо найти, исследовать применимость открытия для них, провести технологический "конкурентный анализ" (т.е. чем решается проблемы), оценить способы применения открытия и т.п.
Например, открыли лазер. Проанализировав, нашли целый ряд применений, в том числе военное, для производства прецизионных инструментов, для пересадки волос с задницы на голову (пфыть-пфыть) и многие другие. Оценить по возможности наибольшее число применений.
На единой технологической и научной базе содаётся кластер бизнесов. Чем больше нарыли на предыдущем этапе - тем больше бизнесов создали. Разумеется, каждый из них надо просчитывать отдельно: анализировать рынок, изучать конкурентов, считать финансы и т.п. Этим должны заняться Бизнес-исследователи - компании, специализирующиеся на такой деятельности, либо подразделения Фундаментальной корпорации. Структурная принадлежность не суть.
Для подготовки к выпуску продукта будут привлекаться Прикладные компании - научные коллективы, способные адаптировать базовые фундаментальные принципы в прикладную технологию.
Конечной продукцией Фундаментальной корпорации будут бизнесы - компании, выпускающие инновационную продукцию. Финансы поступают либо от реализации продукции, либо, если нет желания тратиться на управление, от продажи выращенных бизнесов стратегическим инвесторам.
Круг замкнулся - деньги поступили. Можно погасить долги инвесторам и с удвоенной энергией продолжать исследования.
Теперь можно снимать режим коммерческой тайны и ехать на конференции, принимать награды.
Возможно, картинка несколько идеалистична. Но по моему убеждению, создание технологического кластера вокруг некоторой фундаментальной разработки - это очень хороший и правильный путь.