Собственно говоря уже все сказано, но тем не менее:
1. Это не газодинамические рули. Газодинамические рули очень похожи на "классические" аэродинамические, только устанавливаются они в потоке газов, истекающих из сопла реактивного двигателя:
2. В "перехватчике" же применяются реактивные сопла, обеспечивающие ориентацию стабилизацию и управление объектом. Такой принцип управления вполне себе годится и для управления при полете в атмосфере. Практически все современные МБР/БРПЛ именно так и управляются (отклонением сопла маршевого двигателя или применением рулевых двигателей). Заранее, сходу нельзя однозначно сказать, чем лучше управляться в атмосфере, все зависит от типа аппарата, его схемы полета и выполняемых им задач. Вкаждом конкретном случае - это предмет исследований проектантов.
3. При управлении в безвоздушном пространстве органы управления "борются" только с
mg инерцией управляемого ими аппарата, в атмосфере же надо еще бороться и с
ρV2/2 аэродинамикой (весьма не малой при таких скоростях). Поэтому и имеем возможность применить относительно "хиленькие" органы управления с относительно маломощными приводами для управления за атмосферой. В атмосфере же им просто не хватит силенок. Перетяжелять же это все барахло ради универсальности применения вряд-ли целесообразно. Гораздо логичнее сделать (что, судя по всему и делается) отдельный перехватчик для атмосферы. При этом, вполне себе можно использовать унифицированную ракету.
4. Вопросы наведения, какие типы ГСН (РЛ, ИК, оптика ...), можно ли эти ГСН сделать универсальными и во что это может вылиться обсуждать не берусь, это вопросы к более грамотным товарищам.