Коронавирус и другие пандемии.

Цитата: Zeratul от 13.04.2020 22:50:00В том то и дело.
В России охват тестами очень большой. На 12 апреля в РФ сделано 1359993 тестов, по 74 теста на 1 выявленного (9189 тестов на 1 летальный случай) . Для сравнения, в США - 5 тестов на 1 выявленного (126 тестов на 1 смерть), в Испании - 3,5 тестов на 1 выявленного (34 теста на 1 смерть), во Франции - 2,4 теста на 1 выявленного (22 теста на 1 смерть).

То есть в большинстве стран мира (кроме Южной Кореи и некоторых небольших стран вроде ОАЭ, Исландии, Люксембурга) не проводят тотального тестирования всех контактных как в России. Там тесты делают людям с совсем уж явными симптомами коронавируса, и то не всем. В частности в Италии в особо зараженных районах (где госпиталя уже были переполнены), когда человек звонил в скорую и говорил что у него температура и кашель, то ему делали тест на коронавирус только в случае если он уже начинал испытывать затруднения в самостоятельном дыхании. Во всех остальных случаях просто рекомендовали оставаться дома и принимать жаропонижающее. И если такой человек внезапно умирал ночью, то его не помещали в статистику смертей от коронавируса.

Поэтому реальное количество зараженных и умерших от коронавируса в тех же Франции, Испании, Италии и США наверняка намного больше их официальных цифр.
__________________________________________________

В России цифры честнее, у нас считают как людей с симптомами, так и бессимптомных в одну статистику. Так что когда говорят "В США за сутки выявлено 30 тыс. новых случаев коронавируса" - можете не сомневаться, практически все 100% выявленных там уже с явными симптомами, с температурой, кашлем и т.д., многим нужна срочная госпитализация. Бессимптомных там иногда выявляют случайно, а не целенаправленно.
А когда говорят "в России за сутки выявлено +2 тыс. новых случаев коронавируса", 40% из них могут быть вообще без симптомов благодаря более обширному охвату тестированием.
...

Недавно выяснилось, что китайцы просто не включали бессимптомных в общую статистику случаев коронавируса. Так что их 80 тыс. случаев - это симптомные... вместе с бессимптомными могло бы быть 160 тыс. :)

У вас немного ура патриотизм. Мы, безусловно, молодцы, но не настолько, к сожалению. У нас считают не количество протестированных, а количество сделанных тестов, то есть делим цифру минимум на 2,5 а то и на 3. Во всех странах тесты делают по одному принципу: контактные или с симптомами. Для всех остальных людей, недавно появилась услуга — тест за деньги. Кстати, интересно, коммерческие тесты включают в статистику? Думаю, что да. От количества тестов и лабораторий в странах, зависит градация, от "делаем тест только в больнице когда пневмония" до "делаем тест на дому, когда повысилась температура и кашель". Но никто не делает тесты "всем, даже бессимптомным", ни у кого, даже у Китая и США не хватит производственных и лабораторных мощностей на такое. Ну, может кроме стран карликов. И да, у нас тоже не проверяют всех контактных. Это физически невозможно, если ты не Монако. И наша статистика тоже не совсем честная, подозреваю, что из всех стран, она у нас самая долгообрабатываемая. И что, во многом, эффект: у них за две недели 20 000, а у нас 10 000 достигается за счет этого — наша статистика, это, фактически, статистика едва ли не недельной давности. Так как чтобы попасть в официально коронавирусные, надо дать два положительных теста на месте, по ним тебя считают больных коронавирусом де факто, а потом еще подтвердить тест в Новосибирске или Москве, тогда ты станешь зараженным де юре. К слову, в больницах уже вообще рекомендовано не ждать тестов, при поступлении больных, а лечить как от коронавируса по медицинским показаниям. Иначе много времени впустую тратится. 

Цитата: Sanchesko от 14.04.2020 00:16:33Вам издалека, может, ещё непонятно.
А я вот со своим старшим (13 лет) в МСК столкнулся с вирусной (подтверждённой) пневмонией ещё в ноябре 2019.
Районный терапевт не распознал ничего, кроме ОРВИ. Назначил фуфломицины согласно рекламе на ТВ. Ну, не антибиотики, и на том спасибо.
5 дней за 39. Сделали платные анализы, лейкоциты 2 вместо 6. Психанул. Отвёз в Морозовскую. Приняли.
Подтвердили вирусную пневмонию, SARS отрицательный. Но вирусная патология налицо. Развели руками, назначили два антибиотика. Помогли. Видимо, с вирусом организм справился сам, а неминуемую последующую бактериальную успешно подавили.
К чему я: районный терапевт ни разу не спец. Даже в Москве. Больше административная должность для выписывания бумаг.

Ну а что вы хотели терапевт же сам анализов не делает, он вас на анализы должен был направить.

Цитата: ArxV от 14.04.2020 00:16:48В русском переводе это должно звучать
... с достоверностью 95% распространенность COVID-19 в австрийских домохозяйствах составляет от 0,12 до 0,76% ..
А то смысл искажается принципиально.

это они брали материал, то есть мазки на ПЦР. А нужно проверять антитела.

Цитата: Zeratul от 13.04.2020 22:50:00В том то и дело.

В России охват тестами очень большой. На 12 апреля в РФ сделано 1359993 тестов, по 74 теста на 1 выявленного (9189 тестов на 1 летальный случай) . Для сравнения, в США - 5 тестов на 1 выявленного (126 тестов на 1 смерть), в Испании - 3,5 тестов на 1 выявленного (34 теста на 1 смерть), во Франции - 2,4 теста на 1 выявленного (22 теста на 1 смерть).

Камрад, Вы не вполне правы. В России сделано 8908 тестов на 1 млн. населения, в США - 8873 теста на миллион населения, в Испании - 12833 теста на миллион, в Италии - 17315 тестов на миллион, в Германии - 15730 на миллион.
Поэтому репрезентативность выборки тестов в Испании, Италии и Германии - выше, чем в России. 

Цитата: АЛЕКС... от 13.04.2020 13:27:44Мой вопрос к этому графику - при каком количестве зарегистрированных случаев Ковида, он станет тем самым "ужасным" вирусом? 

Ужасно лишь то, что если не будет перелома, то по Москве через месяц мы перешагнем планку в 100 000 заболевших
Пока график идет четко по экспоненте
Сам то вирус может и не сильно страшнее гриппа
Страшно лишь то, что предположительно иммунитета к  нему ни у кого нет
(Я надеюсь что это не так, иначе совсем все плохо)
Поскольку иммунитет к гриппу сохраняется в течении 3-6 лет, то иммунны к нему должен быть у ~60% населения
Думаю что именно поэтому R0 гриппа меньше, чем у коронавируса в два-три раза
Поскольку гриппом болеют непрерывно, то количество заболевших плавно растягивается лет на пять
В нашем же случае, у нас есть шанс заиметь такое же количество заболевших, но в течении пары месяцев
Лично меня это пугает. 
Вы считаете, что такое развитие невозможно?
Если да, то что этому должно помешать?

Цитата: D_K от 14.04.2020 00:23:30Это говорит только о том что пройден пик в условиях противоэпидемических мер, при ослаблении которых вспышка может возобновиться. Вот когда у них будет устойчиво менее 100 случаев в день тогда и можно говорить что вспышка закончилась.

Hорвегия пример, что это не так. 

Цитата: TAU от 13.04.2020 23:21:35Ну, я вроде как доктор... И не понимаю, в чем конкретно "бред". Бубубу, объявись, браток - кандидат, доктор?

Бред - ну никто в мире, конечно же, не догадался измерить транспорт кислорода / кислородную ёмкость крови / уровень свободного железа в крови. Да, сложнейшие интерлейкиновые каскады смотрим, а такую фигнюшечку пропустили... 

Цитата: ArxV от 14.04.2020 00:48:35А интересно посмотреть сколько людей болеет в настоящий момент в популяции без привязки к этим факторам.
Для этого нужно взять выборку из случайных людей в стране и взять у них тесты.
Тогда мы узнаем следующее:
1. Какой процент в стране зараженных распространителей инфекции.
2. Сколько из них определено тестами.
И то, и другое очень важно с точки зрения эпидемиологии.

 Согласен, но тесты на ПЦР: а) не самые надёжные, б) не скажут болел ли уже человек и есть ли у него иммунитет
Поэтому правильнее проводить популяционное исследование с антителами. Оно покажет ситуацию куда как более правильно

Цитата: _Sasha_ от 13.04.2020 09:47:57Безотносительно к первоначальному посту Солоухиной - этот комментарий обвиняет ее во вранье - но по факту то никак не противоречит тому что пишет Солоухина. Тех кто в тяжелом состоянии - таки госпитализируют - и Солоухина вроде бы ничего другого и не утверждает. 
Она конечно весьма эмоциональна (возможно даже чересчур) - но тем не менее не вижу прямой лжи.

Ну как не врёт? Очень даже врёт. 

Пишет: "Ладно, корона. Все медицинские учреждения перепрофилированы под больных короной и закрыты.
Если у тебя заболел зуб, флюс на всю морду, вырывай сам ниткой как во время войны. Ни один зубной врач во всем Лондоне не принимает даже с сильной зубной болью. Подозрение на аппендицит – не знаем таких слов, может, само пройдет."

Погуглил – неотложную стоматологическую помощь оказывают:

https://www.24hour-emergencydentist.co.uk/?gclid=Cj0KCQjwm9D0BRCMARIsAIfvfIa6qsNXDKyrtMb2uAgmdL1MZUcV1t8WxYo3QVVHh4UW2Pwdsajc6K0aAhOTEALw_wcB

https://www.mirror.co.uk/news/uk-news/dentists-open-during-coronavirus-lockdown-21767307

Оказывают неотложную хирургическую помощь:
https://www.asgbi.org.uk/userfiles/file/news/asgbi-statement-the-delivery-of-emergency-general-surgery-and-covid-19.pdf

Забирают на скорой помощи в больницу для родов. Пока искал подтверждение, попалась статья, что одна мама назвала своих новорожденных близнецов Корона и Ковид.
https://www.mirror.co.uk/news/world-news/mum-names-twins-born-lockdown-21807879

Приедут забрать в больницу людей с сердечным приступом. Обращаются к пациентам, чтобы те не медлили и не стеснялись "отвлекать" врачей в эти трудные времена, а вызывали скорую помощь, и что у них достаточно врачей и оборудования и что помощи при сердечных приступах по-прежнему приоритетная задача:

ЦитатаWe have the staff, equipment and resources to treat heart attacks
Dr Sonya Babu-Narayan, Consultant Cardiologist and our Associate Medical Director said:
“The coronavirus pandemic is extremely serious, but it’s concerning if it also means people’s fears about the virus are putting them off calling 999 when they suffer heart attack symptoms. 
“These are uncertain times, and it’s understandable that people might feel apprehensive about having to go to hospital or putting unnecessary strain on the NHS. But heart attacks don’t stop for a global pandemic. 
“Don't delay because you think hospitals are too busy - the NHS still has systems in place to treat people for heart attacks and they are still a top priority.

https://www.bhf.org.uk/what-we-do/news-from-the-bhf/news-archive/2020/april/drop-in-heart-attack-patients-amidst-coronavirus-outbreak

Цитата: Grig55 от 14.04.2020 00:40:26НИКАКИХ ПРОБЛЕМ.
Я указал: люди снимают нагрузку и с врачей,
поэтому люди САМИ забирают у себя мазок, люди САМИ через интернет заполняют ФИО на нумерованный тест.
далее врач как в пятерочке берет тест набор, проводит сканером штрихкод.
вставляет в аппарат тестов.
Все. на врача нагрузка минимум. Снято самое долгое - занесение в базу ФИО. это люди сами введут.
Попросить яндекс программистов. Разработают удобное ПО.

А лаборатории сами плодиться будут? Там же куча расходников. Лаборатории тоже люди обслуживают. Вы представляете, какие это деньги - увеличить количество лабораторий (не тестов) в 1000-2000 раз? Или вы три года хотите результаты ждать на карантине?

Опять же, себестоимость ПЦР теста сейчас под 800р (В Гемотесте несколько тысяч для желающих). Пусть будет 500р. Если это обязательная процедура,. то она должна быть бесплатна. У вас есть 50 миллиардов рублей все это профинансировать? Как вы заставите отдать 500р - 1000 - 1500 - 2000р на семью тех, у кого нет денег на еду, которые лишились работы из-за карантина?

Цитата: Елё от 14.04.2020 00:29:32Ужасно лишь то, что если не будет перелома, то по Москве через месяц мы перешагнем планку в 100 000 заболевших
Пока график идет четко по экспоненте

Россия идёт вполне по графику Германии:

А Москва даже чуть лучше этого графика:

Россия сегодня на 26 дне после сотого пациента, Москва - на 24 дне, Германия - на 44. Если эта тенденция будет продолжаться, то через 18-20 дней выйдем на менее 1%, то есть на завершающую стадию вспышки.

Цитата: Gweb от 14.04.2020 00:57:52А лаборатории сами плодиться будут? Там же куча расходников. Лаборатории тоже люди обслуживают. Вы представляете, какие это деньги - увеличить количество лабораторий (не тестов) в 1000-2000 раз? Или вы три года хотите результаты ждать на карантине?

Опять же, себестоимость ПЦР теста сейчас под 800р (В Гемотесте несколько тысяч для желающих). Пусть будет 500р. Если это обязательная процедура,. то она должна быть бесплатна. У вас есть 50 миллиардов рублей все это профинансировать? Как вы заставите отдать 500р - 1000 - 1500 - 2000р на семью тех, у кого нет денег на еду, которые лишились работы из-за карантина?

50 млрд всего одна больница в мск стоила.

Цитата: АЛЕКС... от 14.04.2020 00:33:55;экспоненты нет никакой..остальное -лирика

Очень был бы этому рад
График говорит об удвоении каждую неделю
Надеюсь что это просто случайное совпадение

Цитата: Obivatel от 14.04.2020 01:26:05А ведь таки и могли не проверить. Настоящих буйных (любопытных) мало. Ведь принцип современной науки - быть в тренде!

бред. Принцип науки - получанть новые знания. У любого ученого результат не вписывающийся в тренд - вызывавает огромный интерес, ведь возможно открыт новый процесс, и подобую "прорывную" статью будут активно цитировать в крупных научных журналах сотни и тысячи раз (а цитируемость - это мерило успешности ученого).

ЦитатаОдин якобы провел исследование и получил какие-то результаты. И тысячи его компилируют, проверяют. верифицируют и всячески изображают мыслительный процесс.

Еще более дикий бред. Обзоры, и прочие "не новые" публикации существуют, но их относительно немного.

ЦитатаА на "безумные" идеи способных мало, или у них нет средств и возможностей проверить свои идеи.

Было бы только желание. На исследования ковида деньги сейчас выделяют огромные через самые разные каналы, во всем мире. Обычно когда начинают ныть про "нет средств", проблема исключительно в прокладке между сидением и столом.

Цитата Много новых открытий сделано за последние 30 лет? В основном улучшают открытия середины прошлого века.

Меня всегда прикалыват версия про "улучшение открытий прошлого". Это примерно как "Т-90 - это улучшеный Т-34".

Не, серьезно. Люди действително верят, что скажем современный чип с техпроцессом 5нм это "улучшеная технология Интел 4004"? Если да - то это диагноз.

Эндрю Куомо, губернатор штата, гордо заявил о сглаживании кривой .....  действительно, сегодня меньше новых случаев.

А теперь читаем 

https://www.dailymail.co.uk/news/article-8214151/Health-officials-warn-NYC-run-virus-test-swabs.html

(Запасы кончаются, тестируют только самые тяжелые случаи).

Ну ... вообще-то можно совсем не тестировать.... и объявить победу!

Прошу считать препринт отозванным
Исправленную версию читать здесь.
Пост не удаляю а) для истории б) чтобы кто-то не подумал, что боюсь выглядеть дураком.
Многие выводы из этой статьи также применимы и к данным, полученным по исправленному методу.

Цитата: NavyGator от 14.04.2020 00:59:16Россия идёт вполне по графику Германии:

У меня так не получилось.
Раз мы все тут талдычим про "экспоненту", давайте же наконец посмотрим внимательно на эту самую экспоненту
А точнее - на показательную функцию y = a^x.
Понятно, что a зависит от коэффициента воспроизводства R0 (количество людей, который заражает один инфицированный за срок болезни).
Но у нас статистика поденная, поэтому введём коэффициент ежедневного воспроизводства вируса R1. Он показывает, сколько в среднем за день один больной заражает новых больных.
Естественно, этот коэффициент меняется во времени и зависит как от течения болезни (чем меньше остаётся еды для вируса, тем медленнее темпы заражения, это ясно), так и от эффективности предпринимаемых страной мер. Поэтому коэффициент нужно считать "скользящим", у меня он апроксимируется за 7 дней предшествующие расчётному дню. Пробовал взять и за 14 - ничего существенно не меняется.
Яснопонятно, что эпидемия начнёт заканчиваться, когда этот самый коэффициент снизится меньше единицы.
Я взял данные по России и отдельно по Москве, Московской Области и Питеру.
Для каждых 7 дней, предшествовавших расчётному дню, посчитал логарифмическую регрессию, получив скользящий y = R1^x, где x - номер дня эпидемии.
Как оказалось, большое влияние на результат оказывает выбор точки отсчёта - когда началась эпидемия.
Попробовав разные способы вычисление начала эпидемии, принял такое правило: берём первый день, когда количество заражённых превысило 100 человек, и отсчитываем 14 дней назад. Кстати, число 14 я подобрал вручную, но интересно, что оно совпало с периодом инкубации CoV SARS-2. Можно взять и другое число в разумных пределах, абсолютные значения R1 несколько изменятся, но относительные тенденции будут те же.
Получились вот такие даты:

• в Италии эпидемия началась 10 февраля.
  


• в Германии эпидемия началась 17 февраля.
  


• в Великобритании эпидемия началась 21 февраля.
  


• в России эпидемия началась 4 марта.
  


• в Москве эпидемия началась 8 марта.
  


• в Московской области - 16 марта.
  


• в Петербурге - 18 марта.
  

В результате получился вот такой график. По оси X отложены дни эпидемии (R1 считал начиная с 14го, на малых данных получается неинтересная ботва).
По левой оси Y рисуются графики R1, по правой оси Y рисуются графики количества заражённых.


Какие выводы можно сделать из графика:

• У коэффициента ежедневного воспроизводства имеется естественная тяга к снижению. Видимо, она связана с сокращением базы для заражения.
  


• До 25 дня Германия шла по графику Москвы. Но 12 марта случился перелом ("суперраспространитель"?), и заражения резко пошли на увеличение.
  


• В Италии видно, что жевали сопли до 20-го дня (начало марта). Не подготовились итальянцы к эпидемии, выявление шло недостаточными темпами. Зато потом так перепугались, что ноздря в ноздрю с Германией пошли на снижение. На 12 апреля R1 у итальянцев 1.22., у немцев 1.25 (они стартанули позже).
  


• В стране великов поначалу всё шло неплохо, но из-за непринятия мер на 30й день общие темпы заражения превысили темпы Москвы.
  


• В Москве поначалу заражение шло быстрыми темпами, пока шли в основном завозные случае из-за рубежа. Тут, вообще говоря, нельзя говорить об воспроизводстве, но отделить завозные случаи от местных тут сложно. По коэффициенту ежедневного воспроизводства на 37й день эпидемии Москва соответствует 42-му дню в Германии.
  


• Интересно, что коэффициент ежедневного воспроизводства в Москве, Московской области и Питере примерно одинаков (на 13 апреля соотв. 1.311, 1.312 и 1.300), хоть точка старта эпидемии в разных городах разная. Видимо, всё-таки сосуды сообщающиеся (Москва и МосОбласть уж точно). Возможно, совпадение. Посмотрим как дальше будет.
  


• Посмотрим, на каком R1 Германия решится отменять карантинные меры. При 1.25 как-то стрёмно.
  

Таблицу с данными и графиками по-прежнему можно взять здесь:
https://yadi.sk/d/w4u8eGoSLg50cg

Цитата: mv2014 от 14.04.2020 02:03:24Эндрю Куомо, губернатор штата, гордо заявил о сглаживании кривой .....  действительно, сегодня меньше новых случаев.

А теперь читаем 

https://www.dailymail.co.uk/news/article-8214151/Health-officials-warn-NYC-run-virus-test-swabs.html

(Запасы кончаются, тестируют только самые тяжелые случаи).

Ну ... вообще-то можно совсем не тестировать.... и объявить победу!

А вы его хоть раз слушали когда он говорит о сглаживании кривой то рассматривает только кол-во госпитализируемых, за последние три дня в среднем увеличивалось на 85 человек в день, а неделю назад назад было 600, а 10 дней назад более 1000, госпитализируемых точно тестируют, количество умерших тоже уменьшается.

Цитата: zap от 14.04.2020 02:13:22

• По коэффициенту ежедневного воспроизводства на 37й день эпидемии Москва соответствует 42-му дню в Германии.
  

У меня такой же результат получился:
37 день (по вашему графику 100 пациент - 14 дней) в Москве: 13,17%, в Германии - 13,73%. 
Hо с 34 дня по 39 день в Германии наблюдается волатильность:

12,19%

22,84%

19,70%

17,73%

16,70%

13,73%

После чего. график уходит ниже 10%
В Москве эта волатильность тоже наблюдается и тоже с 34 дня. Вчера был 38 день

12,74%

14,67%

16,78%

13,17%

Посмотрим на цифры послезавтра, если Москва уйдёт стабильно ниже 10%, как Германия, то это будет повторение немецкого графика и к майским праздникам мы можем ожидать выход на полку ниже 1%.

Цитата: zap от 14.04.2020 02:13:22Но у нас статистика поденная, поэтому введём коэффициент ежедневного воспроизводства вируса R1. Он показывает, сколько в среднем за день один больной заражает новых больных.
Естественно, этот коэффициент меняется во времени и зависит как от течения болезни (чем меньше остаётся еды для вируса, тем медленнее темпы заражения, это ясно), так и от эффективности предпринимаемых страной мер. Поэтому коэффициент нужно считать "скользящим", у меня он апроксимируется за 7 дней предшествующие расчётному дню. Пробовал взять и за 14 - ничего существенно не меняется.

Вы берете сумму за 7 дней? И тогда это получится 1,25 у Германии. Hо это не вполне правильный подход. Каждый день число заразившихся прибавляется, поэтому правильнее считать удельный процент заражённых за каждый день. Иначе вы считаете что заражали только пациенты, заразившиеся  7 дней назад, а 5,4, 3, 2, 1 день назад - вообще не заражали никого. 

Цитата: kotnsk от 14.04.2020 02:16:32Поооомедленнее пожалуйста, а то я не успеваю  все ваши ходы записывать.....

Ситуация ж меняется. Вы хотите статичный график, который сразу бы всё объяснял? Мы не знаем, как будет развиваться ситуация завтра. По мере развития ситуации в других странах, мы можем пытаться аппроксимировать течение вспышки в наиболее похожих с Россией странах и попытаться оценить на основе этого возможное развитие ситуации в России. Я сразу говорил, что я могу ошибаться. Чтобы понять, так это или нет, вносите свои коррективы. И я благодарен камраду zap за го замечательные графики аппроксимации.