Протокол был подписан 2 ноября 2016 года в городе Минске. Его положениями уточняется понятийный аппарат Соглашения, а также вносятся изменения, касающиеся организационно-штатной структуры Вооруженных Сил Российской Федерации и порядка применения оружия и боевой техники дежурными по противовоздушной обороне при совместном выполнении задач боевого дежурства.
Реализация Протокола позволит повысить надежность охраны внешней границы Союзного государства в воздушном пространстве, будет способствовать укреплению безопасности двух государств и не потребует дополнительных ассигнований федерального бюджета.