Российская наука, образование и перспективы.

Цитата: SvK от 13.03.2010 15:35:39
И борьба с "лженаукой" стала возможна, когда ОБЕ стороны отказались от истинной цели науки, а значит стали воспроизводить лишь ФОРМУ,подменив сущность...
...Останутся только те, кто не забыл настоящее назначение науки, если останутся при имеющейся динамике событий.Чем раньше и чем больше людей осознают насколько МРАЧНАЯ перспектива у тех кто решил, что наука -неплохой бизнес, тем больше шансов смягчить процесс падения и деградации.

В этих процессах не две, а три стороны: "менеджеры", учёные и ... "научные вампиры". И Ваше ОБЕ стороны  относится только к кооперации первых и третьих.

Цитата: balbes

куды податься бедному "крестьянину",
тяжело в деревне нынче без пулемету.........

Среди немногих известных мне "лжеученых" широко распространено мнение, что жизнь ничего не делает "просто так". Она лишь пытается подтолкнуть нас в направлении, которого мы по убогости своей просто не замечаем.

Далеко не сегодня началась тенденция выталкивания умных, но при этом почему-то не подлых людей "на обочину" жизни.
Может быть, это делается потому, что в потоке они просто не могут разглядеть друг друга?

Цитата: SvK от 13.03.2010 15:35:39P.S.Представитель марийской научной школы- прекрасный пример деградации,а как же, столько лет только и думать куда поехать подработать..  ;) Знания еще есть,а вот мораль , как вещь малоценная практически утрачена.

Хм-м... До боли знакомые воспоминания по поводу того, как всё начиналось на "Про@балтике"...
Походя так забиваем на обсуждаемую проблему и ненавязчиво переходим на обсуждение личности оппонента (причём - обязательно с упоминанием национальности)... Ещё пара подначек - и готовченко: пара страничек флейма, все не всех затаили зуб, ветка засрана почище конюшен царя Авгия, а что - то хотя бы каким-то боком касающееся обсуждаемой темы, а не личных обидок сторон - появляется на ней только после того, как пару раз отправишь обе стороны в баньку на месячишко...
Посему - приму-ка я превентивные меры (от аглицкого to prevent - "предупреждать"), и выдам-ка я кое-кому предупредительный бан за переход на личности на ровном месте. Поскольку здесь не Про@балтика и режим контрфлудерастической операции не объявлялся - то трёх с мелочью недель не обещаю. Но вот три дня (и даже без мелочи) - считаю минимально возможным сроком для напоминания тех общеизвестных истин в части методики ведения дискуссий, которые большинство людей успевают в школе выучить  >:(

Итого, формальный повод бана: переход на личности, провокация флейма.
Категория бана: предупредительный.
Продолжительность бана: 3 (трое) суток.
При наличии вопросов - обращаться в ветку "Модерация". По истечении срока бана, ессно.

С глубоким неодобрением,
Мимохожий.

Жоресу Алфёрову — 80 лет. Интервью.
...Самая главная беда российской науки даже не в том, что она получает в 3-4 раза меньше финансирования, чем в советское время, а в том, что на науку нет спроса. Наши результаты потому и уходят за рубеж, что их "спрашивают" другие. Поэтому возрождение промышленности высоких технологий и диверсификация экономики на основе научно-технических разработок - это вопрос жизни и смерти нашего государства. Именно так надо ставить вопрос.

РГ: А предложения более строго дифференцировать науку прикладную и фундаментальную и по разным схемам их финансировать?

Алферов: Такое деление, на мой взгляд, вообще искусственно. Мой старый друг и товарищ - к сожалению, уже покойный - президент Британского Лондонского королевского общества Джордж Портер говорил, что вся наука - прикладная. Разница только в том, что отдельные приложения возникают быстро, а другие - через пятьдесят или сто лет. Хотя нам, конечно, чрезвычайно важно смотреть, какие научно-технические разработки могут давать довольно быстрый эффект. И тут, что бы ни говорили, Российская академия наук была и остается основной экспертной научной организацией страны...

О ЕГЭ, а также по поводу прошлогоднего открытого письма ученых премьеру
...Я все время был против ЕГЭ. И сегодня против. И в нашем Физико-техническом лицее большинство учителей - против. Есть, правда, те, кто рассматривает его модификации и надеется, что из него что-то полезное можно извлечь. Но лично я считаю, что ЕГЭ - это хороший экзамен при получении прав на вождение автомобиля. В автошколах он может быть основным методом проверки знаний. Но не в университетах...

Также любопытно прочитать его же интервью десятилетней давности.

Цитата: Мимохожий от 13.03.2010 20:35:59
ненавязчиво переходим на обсуждение личности оппонента
Мимохожий.

Вижу что по  существу высказанного мнения,возражений не последовало.
Да и быть не могло..

1) "Существом высказанного мнения" в данном случае является именно переход на личности/национальности. Как обычный пользователь продолжать (а в данном случае - начинать) дискуссию с человеком, мораль которого (в противовес Аульцу - не утраченная, как логически следует из его поста ) допускает подобные конструкции я считаю бесполезным (слишком велика разность ...хм-м... моральных базисов, и, ergo, любая коммуникация невозможна). Как модератор же - я обязан подобное поведение пресекать (что, собсно и является "существом" выписанного Вам бана ). Но поскольку, судя по данному посту, Вы мнения о допустимости подобного поведения всё-таки продолжаете придерживаться - бан повторяется, а его срок - удваивается...

Итого: 6 (шесть) суток, провокация флейма (рецидивная).

С неодобрением,
Мимохожий.

Цитата: Dobryak(Аулец)
...это право лженауки на официальный статус

Но гораздо фундаментальнее идея, ... что раз в правительстве у нас есть недоверие к ученым, то удел ученых копошиться у своей параши и не тревожить это правительство всякими неэтичными ... обращениями.

И, поскольку мы на ветке а науке, то заодно уж процитирую о дятлах:
http://absurdopedia.…0%B5%D0%BB

Шпаги обнажены, забрала откинуты - приятно.
Чтобы не быть обвиненным в переходе на личности (мне-то это с рук не сойдет), поговорим о Российском Ученом (типичном).

Первое, что мне хотелось бы отметить - причина такого отношения, как я сам ее понимал, полностью проигнорирована. Т.е. мое-то личное мнение с точки зрения Типичного Российского Ученого (далее - ТРУ) не заслуживает внимания в принципе - ибо если некто не ТРУ, ему вообще "не должно сметь..."

Второе, это произвольное истолкование фактов. Никогда я не писал, что лженаука имеет право на официальный статус. В данном случае речь шла лишь о публичном обвинении одного академика РАН другим академиком РАН в возможной некорректности методики, не исключающей фальсификации. И если статья первого академика была подтверждена какой-никакой методикой, протоколами, подписями других ТРУ, то обвинение второго (равного, заметим, по рангу) не было подтверждено ничем. А судя по поддержке других ТРУ, голословные обвинения - типичный метод ведения дискуссии для ТРУ вообще.

И третье, искажение смысла. Не "неэтичными обращениями", а по существу "челобитными", да еще и передаваемыми через приятелей, клевретов, баню и водку. Всегда считал, что челобитные - это не путь ученого, ибо здесь он играет на чужом поле и по чужим правилам, в силу чего - заведомо обречен на проигрыш. Путь ученого - исследования, результаты, публикации, воплощение. В том числе - и в вопросе финансирования науки. И "челобитные" сюда вписываются плохо. Впрочем, у ТРУ, как я понимаю, свое видение этой проблемы, соответствующее вполне определенной "точке зрения".

И наконец, без пунктов. Неизгладимое впечатление производит использованный в дискуссии и, очевидно, вполне достойный ТРУ источник информации. Со своей стороны могу также порекомендовать anekdot.ru.

Перенесено(скопировано) с ветки МЭК-3. Вроде здесь более по теме будет, а интерес у народа проглядывается, даже сам не ожидал...

Цитата: vad144 от 21.03.2010 21:09:50
   
...Тут не программа профессиональной переориентации нужна, тут надо за то поколение бороться,что еще в школе учиться - вот это поколение еще можно успеть переориентировать с потреблянства в одно горло на то, чтобы в нашей стране (неважно как она будет называться) хотелось ЖИТЬ. Чтобы гады не могли пробраться на верх - а сидели там где им и положено быть, в самом низу. Чтобы подлость называлась подлостью - а не гибкостью ума или еще как-нибудь. Чтобы спекуляция называлась спекуляцией - а не бизнесом или как это говориться(ритейлом или еще как). Чтобы человек который создает своими руками нужные вещи был уважаем - а не назывался лохом и лузером. Чтобы нами правили КНЯЗЬЯ ДУХА и ВОИНЫ - а не менялы и торгаши.      

Да. Бороться. Вопрос-как?
Из собственного опыта: более 15-ти(с 1988 по 2006)  лет преподавал в средней и высшей школах(в негосударственных ВУЗах). Последние лет 5 - стиснув зубы.  Нет  среди студентов князей духа, даже оруженосцев нет ...
Пустота в глазах, "а чё, я же заплатил за семестр, за что незачёт?", непонимание, как это препод не хочет "за бабло" хотя бы уд поставить...
Пытался давить на совесть(среди школьников), распинался, красивые речи толкал о пользе учения .
ЩЩЩАЗЗЗ! Бесполезно. Стена.
Предлагал несколько раз желающим (давил на самолюбие, боязнь оказаться посмешищем)  поставить любую оценку, по их выбору, за семестр( в ВУЗе) или полугодие(в школе), при условии, что принесут от родителей справку: "Мой ребенок не нуждается в изучении информатики/не может усвоить данной дисциплины в силу неспособности к обучению".
Справки принесли ВСЕ, кому было предложено, кроме двоих человек(из примерно полусотни) .
Понимаю, что это не метод,но ведь показатель??!!
Выход, по-моему, только один-жесточайшая сегрегация. Читать/писать/считать до десяти научили, а дальше, коли нет желания/способностей, в ПТУ(или аналог), где за лет пять научат пользоваться отверткой/метлой/лопатой или нажимать белый рычажок, если загорелась синяя лампочка...
Попутно, глядишь,  со временем и количество людей с нетрадиционным уровнем интеллекта(дебилов то бишь) во власти и околовластных структурах уменьшится.

Насчет лженауки. Никто и никогда меня в этом не обвинял, но приведу пример именно со своим изобретением, для наглядности.Итак, в конце 90-х я изобрел определенную технологию клонирования ДНК в плазмиды, которую через некоторое время запатентовал. За свой счет (получены патенты США, Европы, Австралии и Канады; в остальных странах не подавал, дорого). Я единственный автор и правообладатель. Поскольку денег у меня на внедрение в тот момент не было, я контактировал ряд американских компаний и в итоге продал эксклюзивную лицензию одной из них. Преимущества моей технологии звучали довольно фантастически и они на самом деле мне не очень верили, даже когда я в их лаборатории продемонстрировал им, как она работает. Они потребовали самостоятельной проверки без моего участия. Проверили, по моим детальным инструкциям. Убедились, что я не вру и не преувеличиваю. У них буквально глаза на лоб полезли и они стали создавать наполеоновские планы по завоеванию рынка genomics и proteomics (и планы эти были вполне реальны). Менеджер, чья инициатива была купить у меня лицензию, получил титул Vice President of Genomics & Proteomics (отмечу, что компания была отнюдь не мелочь, в ней работало более 2000 человек, для биотех индустрии это много). Однако буквально через пару месяцев эта компания была куплена их главным конкурентом, который уже имел патентованную технологию клонирования и был лидером на этом рынке. Новое начальство же решило не инвестировать деньги в развитие моей технологии клонирования - зачем, они и так лидер в этой нише. Почти все сотрудники первой компании были уволены. Думаю, что менеджеры второй компании просто не поняли, что они получили. Я ждал несколько лет, в итоге мы согласились прекратить действие лицензии и все права вернулись ко мне. Я решил сам, за свой счет (на те не очень большие деньги, что я получил от лицензии) создать компанию и коммерциализировать эту технологию. До сих пор, моя компания не имеет достаточно денег, чтобы по-настоящему стать на ноги. Still struggling, но да ладно.Все другие методы клонирования обладают следующими недостатками:- Эффективность клонирования чудовищна низка - только одна молекула ДНК из десятков и сотен тысяч продуцирует колонию бактерий, содержащую плазмиду с инсертом.- Сильная селекция на короткие фрагменты ДНК, тогда как длинные фрагменты очень трудно клонировать.- Многие фрагменты ДНК вообще не хотят клонироваться, особенно содержащие прямые и инвертированные повторы.- Имеется высокий фон плазмид без нужного инсерта или с делециями в инсерте.Биологи, занимающиеся клонированием, к этим недостаткам просто привыкли, и считают, что так и должно быть.Теперь сравним с моей технологией:- Эффективность клонирования почти 100% - почти 100% инсертов продуцируют кольцевые плазмиы с инсертами, которые трансфицируют компетентные клетки с такой же эффективностью, как и суперскрученные плазмиды (пардон за терминологию, понятную лишь биологам). - И короткие, и длинные фрагменты ДНК клонируются с равной эффективностью - нет никакой селекции. - Клонируются практически любые фрагменты ДНК - и с прямыми/инвертированными повторами, и токсичные для клеток.- Фон плазмид без инсертов или с делециями практически отсутствует (в тысячи раз меньше, чем с клонированием внутрь токсичного для бактерий гена, как у плазмиды pZero).- Это все позволяет клонировать субфемтограммные количества ДНК - фактически единичные копии молекул ДНК (единственным ограничением является эффективность трансфекции/электропорации).Итак. Вы не забыли, что моя технология запатентована? Так вот - хотя патент весьма убедительно описывает метод клонирования, который действительно лучше всех альтернатив, на самом деле, в нем не описаны некоторые ноу-хау. Trade secrets. Без которых - воспроизвести эффективность моей технологии невозможно. Когда я продал лицензию на эту технологию, я раскрыл покупателям только часть этих ноу-хау, без которых она бы у них просто не работала. Она у них работала - но очень коротко, пока их всех не уволили. Так что они об этом давно забыли (я полагаю, основываясь на том, что никто до сих пор не выпустил на рынок метод клонирования с даже в сотни раз меньшей эффективностью, чем мой).Вот только о наших возможностях пока мало кто знает - по простой причине отсутствия достаточных денег. Я пишу это не с целью найти инвесторов - пока что, я надеюсь, что деньги у нас все же появятся. Заработаем.Так вот, возвращаясь к теме лже-науки и соответствующей комиссии РАН: как вы думаете, какова будет реакция данной комиссии, если я заявлю, что весь мир - и биологи РАН - шагают не в ногу, а я один в ногу? Даже если я продемонстрирую любому институту РАН свою технологию, даже если я дам им кит со своей плазмидой, буферами, ферментами и детальными инструкциями - и они независимо подтвердят, что мой метод работает с заявленной эффективностью? Но при этом я откажусь раскрыть им свои ноу-хау? Я очень сильно подозреваю, что они или вообще откажутся это рассматривать, или объявят это лже-наукой. А раскрывать я в данный момент - не готов. Это стоило мне слишком много нервных сил и лет жизни.

Вот такая «диаКлектика»



Преподаватель Георгий Дружинин поделился с Интерфаксом коллекцией студенческих «перлов», услышанных им на экзаменах по истории. Оказывается, Рим основал «простой ромул», после чего стал первым папой Римским. Другой студент пошел еще дальше: во главе католической церкви «был папа, а сама церковь – это мама такая»!!! «Император ДиАлектиан придумал новую государственную религию – диалектику». После замечания экзаменатора «умник» поправился: «ДиаКлектика». Следующий «специалист по истории» сообщил о том, что в Византийской империи «было четыре главных города – Византия, Стамбул, Царьград и Константинополь». А еще один пребывал в уверенности, что в шариате «был главный великий пророк» по имени Адам – «тот самый, с которого все началось, который все основал, и у православных тоже».

Отечественная история тоже оказалась богатой нишей для студенческого легкомыслия. Как заявил на экзамене один из современных бурсаков, «Соборное уложение» было принято при царе «Алексее Втором», который, вдобавок во всему, еще и «отменил крепостное право и учредил Соборы».

Смешно – аж плакать хочется, особенно если учесть, что экзаменовали не школьников, и даже не абитуриентов – студентов. И это в самой передовой – по количеству вузов – стране мира! В современной России насчитывается свыше 3000 высших учебных заведений, причем 2000 – это филиалы различных институтов и университетов. Для сравнения: в Англии подобных альма-матер – 350, во Франции – 600. При этом трудоустраивается по специальности всего лишь половина российских выпускников – чуть более полумиллиона человек.

Причина столь печальной картины заключается не только в нежелании работать по профессии, но и в общем уровне образования. Например, в прошлом году более 80% студентов факультета журналистики МГУ с треском провалили проверочный диктант, сделав в среднем по 25–30 ошибок. Как они в будущем собираются глаголом жечь сердца людей, совершая по 3 исправления в слове, порой искажая его до неузнаваемости – непонятно.

Складывается впечатление, что система лицензирования наших вузов создавалась исключительно для зарабатывания денег. Ложный посыл о переходе количества в качество подвел и на этот раз. «Академий» в среднестатистическом городе России может быть сколь угодно много; жаль, что лекции там читают, как правило, одни и те же преподаватели. Министр образования и науки Андрей Фурсенко уже неоднократно объявлял о планах его ведомства закрыть большую часть вузов. По мнению представителей министерства, в стране должно остаться не более 50 университетов и 150–200 институтов. Правда, пока, кроме благих намерений, дело не идет. По-прежнему не ясно, кто и по каким критериям станет определять, кому остаться, а кому исчезнуть. Расплодить оказалось гораздо проще, чем уничтожить.

Следующая проблема – реформирование высшей школы по западным стандартам. Получившие в основном советское образование, как пел Владимир Высоцкий, «товарищи ученые, доценты с кандидатами» вдруг превратились в ярых поборников «бакалавриата», «магистратуриата» и прочих, прости Господи, ЕГЭ. На все вопросы, почему именно так, внятных ответов не последовало. Именно внятных, а не общих рассуждений о «цивилизованном пути» и «передовом опыте». Мы уже переименовывали ПТУ в академии, только ума от подобной «реформы» не прибавилось. Профессор МГУ В.Сухомлин считает, что все это – не более чем имитация кипучей деятельности чиновников. Трудно не согласиться. Любая бюрократическая система неизбежно решает задачу поддержания своего существования.

Есть и другой аспект. Рассмотрим состояние рынков труда развитых стран – США и Европы. В настоящее время промышленная мощь человечества выросла настолько, что обеспечивает практически любые потребности граждан этих стран с минимальными затратами. В производящей части экономики работает не более 25-30% населения. Такое положение неизбежно вызывает жесточайшую конкуренцию на рынке труда; более-менее высокооплачиваемую работу получают только высококлассные специалисты. Никто из них не заинтересован в появлении большего количества себе подобных. Поэтому на Западе и происходит упрощение образования, по сути, сведение его к решению фиксированного набора стандартных задач в узкой профессиональной области. Это ли пример для подражания?

Справка KM.RU:
Высшее учебное заведение (сокращенно – вуз, в соответствии с нормами русского языка пишется строчными буквами) – учебное заведение, дающее высшее профессиональное образование. Различают государственные и частные вузы. Вуз может иметь филиалы и представительства в других населенных пунктах. Каждое высшее учебное заведение имеет устав и является автономным субъектом правовых отношений. Вуз должен иметь лицензию, которая дает право на образовательную деятельность. Для того, чтобы иметь право выдавать выпускникам вуза диплом государственного образца, вуз должен быть аккредитован (аккредитация дается вузу, как правило, после аттестации). Обучение в вузе обычно длится от 4 до 6 лет и бывает дневное (очное), вечернее (очно-заочное), заочное. Наиболее распространенные формы обучения – аудиторное и дистанционное.

http://student.km.ru…68C7266FDA

Цитата: ЮВС
В том, что технология должна воспроизводиться, с Dobryak'ом не поспоришь.
Если позволите - совет: опубликуйте в пределах, позволяющих увеличить эффективность в разы (2-5) или даже на проценты, если, конечно, это технически возможно. Это не вызовет патологической неприязни соответствующих специалистов ("Не хлебом единым" - занятная книжка), а с другой стороны - оставит Вам достаточные перспективы для дальнейшего "совершенствования".

Технология запатентована, то есть опубликована, - и патент всем доступен. Из него всем специалистам понятно, что этот метод действительно позволит многократно увеличить эффективность клонирования. Даже без моих неопубликованных ноу-хау. Так что ни о какой патологической неприязни соответствующих специалистов и речи не идет.

О том, что у меня есть еще и дополнительные ноу-хау, специалисты просто не подозревают. Мне нет никакой необходимости им об этом сообщать - они думают, что и опубликованная часть технологии, то есть патент, позволяет мне достичь столь высокой эффективности.

Цитата: Yuri Rus от 23.03.2010 05:05:43
Все другие методы клонирования обладают следующими недостатками:

- Эффективность клонирования чудовищна низка - только одна молекула ДНК из десятков и сотен тысяч продуцирует колонию бактерий, содержащую плазмиду с инсертом

Клонирование бывает разное, и эффективность разная. Так что в общем утверждение неверно. Существование универсального метода повышения эффективности до 100% вызывает сомнение.

- Сильная селекция на короткие фрагменты ДНК, тогда как длинные фрагменты очень трудно клонировать.

BAC

- Многие фрагменты ДНК вообще не хотят клонироваться, особенно содержащие прямые и инвертированные повторы.

Бывает, нечасто.

- Имеется высокий фон плазмид без нужного инсерта или с делециями в инсерте.


Без вставки и делеции - это разные явления. Если первое возникает чаще всего от кривых рук, то второе - как правило особенности продукта, зависящие в основном от систем рекомбинации штамма-хозяина плазмиды.

А суть ноу-хау заключается в том, что ПОЧТИ ВСЕ методы даже не клонирования, а вообще работы с ДНК - неверны. Они разрушают ДНК (точнее, меняют ее нативную конформацию). Многое из этого было ранее описано биофизиками - но молекулярные биологи не читают заумные и непонятные статьи биофизиков и потому никто не применял этих знаний к клонированию или, скажем, к транскрипции ДНК, или к трансфекции плазмид в клетки млекопитающих - включая человеческие.


А вот такие вещи надо доказывать, причем публикациями в рецензируемых журналах.

В целом ваша заява, что никто кроме вас не умеет работать с ДНК, требует хотя бы некоторых доказательств, кроме ваших слов и только вам известных но-хау. Так что, "если директором был я", то с жульническим патентом, без публикаций и экспериментальных доказательств, шли бы вы лесом.

Цитата: Dobryak(Аулец)
За биологию, YuriRus, не скажу ничего. Но к Вашей непризнанности в США, как можно догадаться, Комиссия по Лженауке не имеет никакого отношения, и Ваши обвинения в конкретно ее адрес мне непонятны. За физику скажу: претендующая на наблюдение нового явления статья, в которой что-то утаивается, а техника измерений не описана во всех деталях, достаточных, чтобы эксперимент мог быть повторен в любой лаборатории с аналогичной аппаратурой, никогда в жизни в рецензируемом журнале опубликована не будет.

В наше благословленное время жулики получают себе в партнеры сразу Грызлова, что открывает им все двери. В советское время Комиссии по лженауке не было, а был всемогущий Отдел науки при ЦК КПСС (это слова для Вас чего-то могут и значить), и все "изобретатели" каким-то чудом знали, что надо действовать именно через ЦК КПСС. Работа с "письмами трудящихся", как они официально назывались, поступавшими в институт из Отдела науки ЦК КПСС (а "письма" бывали в тыщу страниц...) была святым делом, о результатах упоминали скупой строкой и в годовых отчетах института. Иногда тянулось несколько лет, так как никакие научные возражения не принимались: какая к черту физика, если автор именно ее опровергает? И когда через каждые несколько страниц труда красочно описано, как США поставят СССР на колени, когда пронюхают о его гениальном изобретении. Так что раз в несколько лет приходилось на дни, недели и даже на месяц забыть обо всем и копать-копать-копать.

Я уверен, что к Вашему открытию сказанное выше никак не относится. Но не вижу, чем же лично Вам помешала Комиссия по лженауке.

Никакой неприязни к данной Комиссии у меня нет и она мне ничем (пока) не помешала. Я с РАН по поводу моей технологии не разговаривал. Я просто представил себе, что произошло бы, если бы я контактировал РАН с целью продвижения моей технологии и моя заявка или другой документ был направлен на экспертизу в эту Комиссию. Допустим, я бы "охмурил Грызлова", продемонстрировав ему и любому числу экспертов (на их условиях, с их критериями оценки эффективности технологии, но без раскрытия ноу-хау). И некие чиновники решили бы профинансировать мою работу по, скажем, созданию уникальной коллекции геномных и кДНК библиотек животных, растений и бактерий. И вот тут какие-то другие ученые, которые как раз рассчитывали, что это им достанется заказ на создание этих библиотек, возопят, что это же лже-наука! Потому что суть моих ноу-хау не раскрыта (а в тот момент я их не буду раскрывать), и следовательно, это шарлатанство.

Что касается публикаций, то в биологии, разумеется, требования к воспроизводимости и раскрытию всех деталей эксперимента точно такие же, как и в физике. Я, тем не менее, могу их обойти (если захочу): есть патент, доступный всем. Я делаю на него ссылку: клонирование было осуществлено таким-то методом. Этого должно быть достаточно для любого рецензента, который не знает, что у меня есть какие-то дополнительные ноу-хау (а я этот факт не рекламирую). Если моя компания будет продавать киты для клонирования (а это до сих пор не факт, что мы будем это делать, гораздо лучше продавать конечные продукты клонирования: отдельные гены и библиотеки: впрочем, какое-то время, чтобы заработать некоторые деньги, и в рекламных целях, мы можем сделать эту технологию доступной другим компаниям и институтам), то любой ученый может убедиться, что эффективность заявленного метода действительно в тысячи раз выше всех других. С другой стороны, если кто-то настырный попытается сам повторить метод, описанный в патенте, то он, конечно, и близко не получит такой же эффективности. И что? Вот же кит, купленный у моей компании: работает? Работает. А сделанный тобой кит не работает? Ну дак это оттого, что руки кривые.

В конечном итоге, я буду применять эту технологию (и другие) в России. После того, как наша компания станет на ноги и мы будем признанным лидером в этой области. Комиссия РАН тогда не будет никакой помехой - ели весь мир знает, что наша технология клонирования в тысячи раз лучше всех остальных, как они могут это опровергнуть? Им это и в голову не придет, разумеется. Другое дело, что вот сейчас я могу развивать эту и другие технологии только в США или Европе - но не в России. А я хотел бы, чтобы именно Россия имела к ней доступ, и более никто. Потому что мои технологии действительно могли бы дать большое преимущество России в развитии и биотехнологий, и пресловутых нанотехнологий (это уже не о клонировании речь, а о microarrays; может быть, напишу немного и об этом позже).

Цитата: kinvel от 23.03.2010 11:44:11- Эффективность клонирования чудовищна низка - только одна молекула ДНК из десятков и сотен тысяч продуцирует колонию бактерий, содержащую плазмиду с инсертомКлонирование бывает разное, и эффективность разная. Так что в общем утверждение неверно. Существование универсального метода повышения эффективности до 100% вызывает сомнение.Если ограничиться клонированием только в плазмиды и не брать, скажем, фаг лямбду, то все методы клонирования, кроме моего, имеют именно что очень низкую эффективность. Для примера: типичная реакция клонирования использует нанограммы или даже десятки нанограмм инсерта (возьмем, для конкретности, 5 нг 1 кб ПЦР продукт с тупыми концами), а число колоний, опять таки в типичном случае, будет от нескольких десятков до нескольких тысяч. Я же, в типичном, опять-таки случае (используя хим. компетентные клетки с эффективностью 10⁹ колоний/мкг суперскрученной плазмиды), получаю 500 колоний, все с правильными инсертами, при использовании 1 пикограмма 1 кб ПЦР продукта с тупыми концами. Используя же 1 пикограмм 10 кб ПЦР продукта с тупыми концами, получаю 50 колоний, все с правильными инсертами. Если же мы делаем электропорацию с электро-компетентными клетками (10¹⁰ колоний/мкг), то получаем, соответственно, в 10 раз больше колоний с инсертами. При этом, эффективность клонирования рестрикционных фрагментов с тупыми концами в 6 раз выше, чем для ПЦР продуктов. Сомнения ваши неудивительны - потому что никто этого не сможет сделать (кроме меня).- Сильная селекция на короткие фрагменты ДНК, тогда как длинные фрагменты очень трудно клонировать.BACВАС тут ни при чем. Да, ВАС позволяет клонировать длинные фрагменты, как и лямбда, и космиды, но речь-то о том, что при клонировании в плазмиду эффективность клонирования длинных фрагментов во много раз меньше, чем эффективность клонирования коротких фрагментов. Вы понимаете разницу: используя мой метод, можно проклонировать 50 кб с той же эффективностью, как и 10 кб, как и 1 кб, как и 100 бп (разумеется, при одинаковой молярности, а не молекулярном весе)? Посмотрите выше - с какой эффективностью: единицы фемтограмм (для справки, поскольку фемто практически не используется в биологии - это 10^-15, то есть в 1000 раз меньше пико).- Многие фрагменты ДНК вообще не хотят клонироваться, особенно содержащие прямые и инвертированные повторы.Бывает, нечасто.Да? А Вы в курсе, насколько трудно клонировать, скажем, центромерные и теломерные области генома? И что до сих пор человеческий геном не просеквенирован полностью?- Имеется высокий фон плазмид без нужного инсерта или с делециями в инсерте.Без вставки и делеции - это разные явления. Если первое возникает чаще всего от кривых рук, то второе - как правило особенности продукта, зависящие в основном от систем рекомбинации штамма-хозяина плазмиды.На самом деле - открою Вам секрет - и без вставки, и с делециями это одно явление. Отсутствие инсерта обычно определяют по белым/синим колониям (если такая возможность есть, так как далеко не все плазмиды эту селекцию имеют). Так вот, если Вы просеквенируете какое-то число синих колоний, Вы обнаружите, что многие из них имеют короткие делеции или инсерты, сохраняющие reading frame (пардон, забыл как - рамку считывания?), в сайте клонирования. Это результат той самой "порчи" ДНК. Но детали я объяснить не могу, сожалею. Не спрашивайте. Насчет кривых рук - это не так. Возьмите те самые 5 нг 1 кб фрагмента и, скажем, 10-20 нг дефосфорилированной (или с топоизомеразой, неважно) плазмиды c LacZ геном. Возьмите также эту же плазмиду без инсерта (контроль). Клонируйте и трансфицируйте все количество. В ОБОИХ случаях, Вы обязательно будете иметь довольно много синих колоний, а в случае контроля, также некоторое количество белых колоний. Если же используете очень маленькое количество инсерта - скажем, 1 пикограмм, а затем просеквенируете все белые колонии, то обнаружите почти исключительно фон с делециями. Нужного же Вам инсерта почти не будет. Когда я продемонстрировал мой метод той самой компании, и они захотели сравнить его (без моего участия) с другими методами клонирования (основными, в частности Торо-клонирование в pZero), они обнаружили, что фон у моего метода был в несколько сот раз меньше, чем у Topo-cloning into pZero, и во много тысяч раз, чем у стандартных методов (с лигированием и без клонирования внутрь токсичного гена).

Доказательства у меня ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ. Продемонстрированные ряду компаний, которые повторили это и без моего участия. Публиковать я буду только конечные результаты клонирования - гены и библиотеки - но не все детали метода клонирования. Именно этот конечный продукт и является требуемым научным или коммерческим результатом. Вас интересует такой-то палиндромный или токсичный ген? Пожалуйста - сделайте заказ и мы его для Вас проклонируем. Даже можем просеквенировать. В чем проблема?

Цитата: kinvel от 23.03.2010 11:44:11- Сильная селекция на короткие фрагменты ДНК, тогда как длинные фрагменты очень трудно клонировать.BAC

Еще раз, другими словами: потеря длинных ДНК и преимущественное клонирование коротких фрагментов имеет особое значение при создании библиотек кДНК. Надеюсь, не надо объяснять важность этого? Используемые сейчас методы В ПРИНЦИПЕ НЕ ПОЗВОЛЯЮТ создать репрезентативные библиотеки кДНК. При этом, не только длинные кДНК теряются, но и имеется селекция на клонирование коротких фрагментов кДНК, вместо кДНК полной длины.

Цитата: kinvel от 23.03.2010 11:44:11- Многие фрагменты ДНК вообще не хотят клонироваться, особенно содержащие прямые и инвертированные повторы.Бывает, нечасто.

Часто-часто. Когда первая версия человеческого генома была опубликована Селерой в 2000-м году, она включала в себя только 60 с чем-то процентов генома (точную цифру не помню, примерно 65%). При этом, просеквенировано Селерой было примерно 30 Гб (гигабэйз), то есть, теоретически, в 10 раз больше, чем геном человека (3 Гб). Эти 65% были самыми легкими для клонирования - большинство остальных фрагментов генома потребовали очень и очень многократного секвенирования, с прогрессивно уменьшающейся эффективностью, а ряд участков были клонированы только при помощи особых ухищрений. Например, при помощи YAC (Ларионов, NCI). Пусть не треть - но минимум четверть любой геномной ДНК эукариот трудно проклонировать. Особенно последовательности с повторами - такие как центромеры и около-теломерные области (сами теломеры, конечно, являются короткими повторами, но и прилегающие к ним области содержат много повторов), всякие транспозоны, GT-повторы, и пр.У бактерий ДНК содержит меньше повторов, поэтому сравнительно легко там можно проклонировать больший процент генома, чем у эукариот. Но значительная часть генома и у них трудно клонируема имеющимися методами.Так что это - далеко не пустяк.

Цитата: AVZh от 23.03.2010 01:01:20
[b]Перенесено(скопировано) с ветки МЭК-3. Вроде здесь более по теме будет, а интерес у народа проглядывается, даже сам не ожидал...

ну я тогда тоже добавлю остальное

Цитата: AVZh от 23.03.2010 01:01:20
А ВУЗ часом не финансово-юридической ориентации был?  ;)
Да

Тут правда есть нюанс, у меня есть нормальная основная работа, а к студентам хожу по личной просьбе одного уважаемого человека, тех денег что мне там полагаются мне даже не бензин не хватит    8) так что студенты знают что я не "за бабло"
Аналогично(в смысле нормальной основной работы)

Кроме того я полностью похерил учебный план, выбросил 80% всех лекций вместе с теоретическим экзаменом,
основная форма обучения -- самостоятельная индивидуальная практическая работа,  необходимое условие для получения положительной оценки на 100% выполненное задание, на "отл" надо сделать чуть больше чем  100%
Хотя сегодня редкий студент даже после усиленных тренировок может осилить больше 1-2 страниц технического текста за один подход.
Готов подписаться под каждым словом(насчет 1-2 страниц)

ЗЫ
Вопрос в другом, что даже этим 1-2 человекам из группы устроится по специальности не так-то просто. Студенты хоть и тупые, но не полные же идиоты -- они эту ситуацию видят и для многих университет это "посещение" за ради "корочек", а не способ получить профессию.
Согласен

---

Похоже, мы одной крови ?  

ПС давайте продолжим, у кого есть интерес/что сказать, в ОБРАЗОВАНИИ? ибо тут и на бан нарваться можно(и за дело...)
Сейчас попробую перенести туда первое свое сообщение...

Перенес в НАУКУ, ОБРАЗОВАНИЕ И КРИЗИС

добавлю ещё немного, поскольку тут это уже топик

большинство преподавателей и университетского начальства такими глупостями как качество образования
конечно не заморачивается, но нашёлся один человек пенсионного возраста, которому на старости лет "неймётся",
организовал новую специальность, нашёл кадры, например мне сказал так:
"знаниями нужно делится, если ими никто делится на будет, то что получится?", поставил перед мной конкретную задачу
дать студентам практические навыки, предоставил свободу действий,
результат на лице -- в год у меня выходит 1-2 студента которых не стыдно людям показать

кстати с этого года в университе появились приличные суммы на учебное оборудование и организацию технического творчества студентов
осталось найти собственно студентов, которые соизволят освоить это оборудование и занятся творчеством  :D
за последние три года у меня таких нашлось ровно два человека, которые за свои кровные купили недостающую комплектацию, спаяли сами простую схемку и скрестили её с имеющимися учебными пособиями, в результате получили некую самоходную тележку с интеллектом инфузории  ;D во  всём остальном заведении за это время нашлось 0 (ноль) студентов возжелавших занятся тех. творчеством

вот такие "вести с полей" получились  8)

ЗЫ
А коммерческие ВУЗы финансово-юридической ориентации... наверняка некоторые оскорбятся, но это школы юных паразитов, так сказать питомники ленточных червей и контингент туда поступает соответствующий, от соответствющих родителей с соответствющим мировозрением.

Цитата: Yuri Rus от 23.03.2010 13:02:34
Будете хамить - дискуссия будет закончена.

Доказательства у меня ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ. Продемонстрированные ряду компаний, которые повторили это и без моего участия.

Публиковать я буду только конечные результаты клонирования - гены и библиотеки - но не все детали метода клонирования. Именно этот конечный продукт и является требуемым научным или коммерческим результатом. Вас интересует такой-то палиндромный или токсичный ген? Пожалуйста - сделайте заказ и мы его для Вас проклонируем. Даже можем просеквенировать. В чем проблема?

Что вы так волнуетесь? Сами же черным по белому написали, что в описании патента опустили критические для воспроизведения метода детали. И как это назвать?

Хорошо, есть у вас метод эффективного клонирования, который вы не хотите публиковать, несмотря на то, что у вас есть патент, т.е. при коммерческом использовании необходимо будет приобрести лицензию. Стало быть, вы хотите иемть доходы и с некоммерческого использования (т.е. использования в чисто исследовательских целях). В принципе это законно, однако не считается комильфо. Это во-первых.

Во-вторых, ИМХО, вы несколько переоцениваете необходимость такого метода. Геномы уже несколько лет секвенируют без всякого клонирования (про пиросиквенсинг, надеюсь, знаете?). То же и с массированным секвенированием транскриптомов. Репрезентативные библиотеки кДНК? Ну наверное где-нибудь нужны, в метагеномике может быть или еще где... Тут вы опоздали лет на 20. Клонирование фемтограммовых количеств? Тут теплее, single cell transcriptome  без ПЦР вещь полезная, хотя придется доказывать, что репрезентативность сохраняется при клонировании лучше, чем при хитрых ПЦР. Дык опубликуйте метод, все будут вам благодарны, будет слава и гранты. Но так вам почему-то не надо... Непонятно.

Публиковать я буду только конечные результаты клонирования - гены и библиотеки - но не все детали метода клонирования. Именно этот конечный продукт и является требуемым научным или коммерческим результатом. Вас интересует такой-то палиндромный или токсичный ген? Пожалуйста - сделайте заказ и мы его для Вас проклонируем. Даже можем просеквенировать. В чем проблема?


Не пойдет. Вот например, мне надо получить библиотеку из очень малых количеств ДНК. Причем я заранее не знаю, что там будет. Извините, заказывать кому-то сделать это неизвестным никому методом я не стану. Лучше сделаю ПЦР, несмотря на возможное ухудшение репрезентативности.

Цитата: kinvel от 23.03.2010 15:11:32
Что вы так волнуетесь? Сами же черным по белому написали, что в описании патента опустили критические для воспроизведения метода детали. И как это назвать?

Хорошо, есть у вас метод эффективного клонирования, который вы не хотите публиковать, несмотря на то, что у вас есть патент, т.е. при коммерческом использовании необходимо будет приобрести лицензию. Стало быть, вы хотите иемть доходы и с некоммерческого использования (т.е. использования в чисто исследовательских целях). В принципе это законно, однако не считается комильфо. Это во-первых.

Очевидно, есть некое непонимание. Метод клонирования мной был опубликован - в патенте. Ноу-хау же относятся не к этому только методу, но вообще к любому методу клонирования. Я могу получить почти такую же эффективность, как с моим патентованным методом, и с любым другим методом клонирования. Например, с методом стандартного лигирования плазмиды и инсерта. С методом клонирования в фаг лямбда, в ВАС. С Торо-клонированием. С чем угодно. Более того - это не есть ноу-хау, применимые только к клонированию. Они относятся к любым манипуляциям с ДНК. Я упоминал выше о транскрипции, о трансфекции в клетки (что имеет значение не только для исследований, но и в медицине и в создании генномодифицированных растений и животных). Что угодно - ELISA, например. Везде, где используются ДНК - и РНК, кстати (in vitro трансляция, скажем). Эффективность всех этих методов возрастает многократно.

Во-вторых, ИМХО, вы несколько переоцениваете необходимость такого метода. Геномы уже несколько лет секвенируют без всякого клонирования (про пиросиквенсинг, надеюсь, знаете?). То же и с массированным секвенированием транскриптомов. Репрезентативные библиотеки кДНК? Ну наверное где-нибудь нужны, в метагеномике может быть или еще где... Тут вы опоздали лет на 20. Клонирование фемтограммовых количеств? Тут теплее, single cell transcriptome  без ПЦР вещь полезная, хотя придется доказывать, что репрезентативность сохраняется при клонировании лучше, чем при хитрых ПЦР. Дык опубликуйте метод, все будут вам благодарны, будет слава и гранты. Но так вам почему-то не надо... Непонятно.

"Секвенирование без всякого клонирования" - есть манипуляции с ДНК. См. выше - эффективность повышается многократно. Репрезентативные библиотеки кДНК нужны, прежде всего, для того, чтобы просеквенировать все эти кДНК, то есть, объясняю очевидную вещь, получить кодируемые последовательности белков. Если вы имеете только, в лучшем случае, процентов 70 от всех кодируемых последовательностей (большинство длинных кДНК у вас отсутствуют или присутствуют в урезанной форме), то вы о геноме данного организма знаете очень мало. Знание геномной ДНК для данных кДНК вам не дает возможности их предсказать, особенно учитывая альтернативный сплайсинг.

Опоздал лет на 20? Вы считаете, что работать с ДНК и РНК больше не нужно?

Опубликовать могу, но по ряду причин не хочу. Гранты я и сейчас мог бы получать, но - просто не хочу тратить на написание время. Кстати, гранты есть не только NIH и вообще научные, есть и куча грантов для создания small бизнесов. Тоже мог бы получить - но ненавижу писать аппликации.

Публиковать я буду только конечные результаты клонирования - гены и библиотеки - но не все детали метода клонирования. Именно этот конечный продукт и является требуемым научным или коммерческим результатом. Вас интересует такой-то палиндромный или токсичный ген? Пожалуйста - сделайте заказ и мы его для Вас проклонируем. Даже можем просеквенировать. В чем проблема?


Не пойдет. Вот например, мне надо получить библиотеку из очень малых количеств ДНК. Причем я заранее не знаю, что там будет. Извините, заказывать кому-то сделать это неизвестным никому методом я не стану. Лучше сделаю ПЦР, несмотря на возможное ухудшение репрезентативности.

Да будете заказывать, куда Вы денетесь. Через несколько лет. Когда всем будет известно, и многократно подтверждено, что эффективность моих методов в тысячи раз лучше, чем у всех остальных. Я же не предлагаю Вам делать заказы сейчас. Такие единичные заказы я и не приму сейчас.

Как бы, для иллюстрации. Представьте себе, что ПЦР не был запатентован и никто более не догадался до этого метода. Но есть компания, которая, как всем известно, применяет какой-то очень эффективный метод для мультипликации ДНК. И постепенно все большее число компаний и академических ученых начинают делать ей заказы. И получают продукты ПЦР. Могут ли себе позволить какие-то компании или ученые НЕ ДЕЛАТЬ заказов на ПЦР, с обоснованием, мы-де не знаем, как это делается? Вначале - да, могут. А потом?

В общем, возврат к средневековью. Секреты мастеров, которые умерли с ними. Время, когда не было патентов и интеллектуальной собственности. Меня, кстати, это отнюдь не радует и я был бы рад это опубликовать и сделать доступным для других. Но не могу. Причин много и я сейчас о них не хочу говорить. Во всяком случае, дело совершенно не в жадности и не в желании все загрести под себя. Как раз наоборот.

Цитата: Yuri Rus от 23.03.2010 15:59:30
Секреты мастеров, которые умерли с ними.

В воздухе запахло волновым геномом. Сорри, вопросов больше нет.

Кстати, вспомнился забавный эпизод. Когда я демонстрировал мой метод той компании, я приготовил плазмиду и blunt-end рестрикционные фрагменты разной длины (от нескольких сотен бп до более 10 кб, всего 7 фрагментов) для контроля - для обычного лигирования в 20 мкм. Потом, когда они стали проверять метод без моего участия, они решили использовать, для быстроты, приготовленные мною плазмиду и фрагменты. Вдруг, неожиданно для себя, они получили такой результат, который никуда не вписывался: тогда как при использовании моего метода была абсолютно равная эффективность клонирования всех фрагментов разной длины, в контроле была сильная селекция НА ДЛИННЫЕ ИНСЕРТЫ! Они вызвали меня и спросили, что это значит?! Должно же быть, в контроле, ровно наоборот! Я им объяснил, что так и должно быть (теоретически): короткие фрагменты имеют намного бОльшую вероятность само-циркуляризации, чем длинные, до того, как один их конец прилигируется к плазмиде. Таким образом, большинство коротких фрагментов просто исключаются из реакции лигирования с плазмидой. Концы же длинных фрагментов требуют намного больше времени для того, чтобы они встретились и замкнулись в кольцо, поэтому они имеют больше шансов встретиться с концом плазмиды. А далее уже происходит циркуляризация плазмид-инсерт конструкта.Так они решили, что это они совершили такое открытие! И решили это запатентовать - без моего соавторства (которое мне на этом их патенте и даром не было нужно), поскольку, как они заявили, они же этот эксперимент с контролем поставили сами, без меня. Жадность фраера сгубила. Только потом до них дошло (я разъяснил), что этот результат - с преимущественным клонированием ДЛИННЫХ инсертов, они получили только потому, что инсерты и плазмиду для стандартного метода клонирования ПРИГОТОВИЛ Я.  И что никакой новизны в такой патентной аппликации не было, и патент они бы не получили: потому что формально, по описанию, это именно что стандартный метод клонирования. Вот так.

Цитата: Yuri Rus от 23.03.2010 15:59:30
Да будете заказывать, куда Вы денетесь. Через несколько лет. Когда всем будет известно, и многократно подтверждено, что эффективность моих методов в тысячи раз лучше, чем у всех остальных. Я же не предлагаю Вам делать заказы сейчас. Такие единичные заказы я и не приму сейчас

Хм. Был (есть) у меня знакомый. Примерно в 1992-м он всем рассказывал, что создал супер-пупер движок 3-х мерной графики, и им заинтерисовался Сименс, и что "через пару лет я, наверное, стану миллионером" (небольшой сумасшедшинкой от него веяло всегда). Под 70 ему, так и живет в общаге.  Он и впрямь чего-то там написал. Но - "время одиночек прошло" (c)
Мое убеждение - сегодня человек в одиночку не в состоянии осуществить прорыв в науке. Но успехов Вам.